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indexofire · Oct 7, 2014 · 1795f4f · 1795f4f
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diff --git a/README.md b/README.md
@@ -2,9 +2,9 @@
 
 本书是简单介绍病原微生物，特别是病原细菌的高通量测序数据分析。针对的用户主要是拥有自己的台式测序仪（比如 [Illumina][] [MiSeq][]）想分析自己数据结果，或者是希望能从高通量数据中获取更多信息的从事病原细菌的研究人员。如果阅读者有一定 [Linux][] 基础，会更好的理解本书中的一些示例。
 
-本书代码库位于 http://github.com/indexofire/bac-ngs-book.git ，作为测序领域的初学者，书中内容肯定会有许多错误之，非常欢迎大家提交 issues 或者 fork 代码库。
+本书代码可以从[这里](http://github.com/indexofire/bac-ngs-book.git)获得，本文内容肯定会有许多错误之处，欢迎大家提交 issues 或者 fork 代码库。
 
-本书采用开源工具 [gitbook][]书写完成，图示采用 等绘制，书中介绍的工具也几乎均开源软件。科学研究存在许多功利因素，所以很难有 OPEN 的条件。但至少目前有了许多开源的工具，有学习文档和资料。希望 [Open Source][] 的思想能对科研工作有所帮助。
+本书采用开源工具 [gitbook][]书写完成，图示采用 graphviz 等工具绘制，书中介绍的工具也几乎均开源软件。科学研究存在许多功利因素，所以很难有 OPEN 的条件。但至少目前有了许多开源的工具，有学习文档和资料。希望 [Open Source][] 的思想能对科研工作有所帮助。
 
 [Linux]: http://www.linux.com/ "Linux"
 [Illumina]: http://www.illumina.com/ "Illumina"

diff --git a/SUMMARY.md b/SUMMARY.md
@@ -20,4 +20,5 @@
    * [名词解释](appendix/a3.md)
    * [网上资源](appendix/a4.md)
    * [Assembly Tools and Quality](appendix/a5.md)
+   * [Galaxy 配置](appendix/55_galaxy.md)
 
diff --git a/appendix/55_galaxy.md b/appendix/55_galaxy.md
@@ -0,0 +1,2 @@
+# 5.5 Galaxy 安装与配置
+
diff --git a/appendix/a1.md b/appendix/a1.md
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 测序平台
+
+1. Illumina MiSeq
+2. Pacbio
+3. iontorrent
diff --git a/appendix/a2.md b/appendix/a2.md
@@ -1,5 +1,7 @@
 # Amazon EC2 教程
 
+## 在 Amazon EC2 建立一个运行实例
+
 本地电脑如果是 Windows 系统，建议下载一个 putty 来访问连接。如是 Linux 或 Mac OSX 操作系统，则直接开一终端程序用 ssh 命令访问即可。
 
 ### 1. 建立一个 Amazon AWS 帐号
@@ -12,3 +14,9 @@
 
 
 
+
+
+## Running docker in Amazon EC2
+
+docker 是一种虚拟环境###
+
diff --git a/appendix/a3.md b/appendix/a3.md
@@ -1,6 +1,6 @@
 # 名词解释
 
-> 以下内容均为摘抄于网上内容，在 reference 中列出相关源。因为内容来自不同网页，已无法仔细区分每个条目来源，如果原作者不同意我将内容复制在这里，麻烦联系本人，我会对其进行删除。
+> 以下内容均为摘抄于网上内容，相关链接会在 reference 中列出。因为内容来自不同网页，已无法仔细区分每个条目来源，如果原作者不同意我将内容复制在这里，麻烦联系本人，我会对其进行删除。
 
 **一代测序技术**：即传统的Sanger测序法，Sanger法是根据核苷酸在待定序列模板上的引物点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸，每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH 基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，通过检测得到DNA碱基序列。
 
@@ -120,6 +120,6 @@ Index：标签，在Illumina平台的多重测序（Multiplexed Sequencing）过
 
 
 
-### reference
+### Reference
 1. http://www.macrogencn.com/_d275872179.htm
 2.
diff --git a/appendix/a4.md b/appendix/a4.md
@@ -16,7 +16,6 @@
 * *[UC Davis training](http://training.bioinformatics.ucdavis.edu/)*
 * *[UC Texas at Austin wiki](https://wikis.utexas.edu/display/bioiteam/Home)*
 
-
 ### 博客
 关于生物信息学与高通量测序技术相关内容的博客网站。
 * *[糗世界](http://pgfe.umassmed.edu/ou/)*
@@ -39,8 +38,8 @@
 * *[VFDB](http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm)* 中国医学科学院病原系统生物学研究室创建的病原菌毒力基因数据库
 * *[MVIRDB](http://mvirdb.llnl.gov/)* Lawrence Livermore National Laboratory 创建毒力基因整合数据库。数据来源于包括VFDB在内的多个数据库。
 * *[DBETH](http://www.hpppi.iicb.res.in/btox/About_DBETH.html)* 对人致病的细菌外毒素数据库，由印度科研机构维护。
-* *[Food Microbe Tracker](http://www.foodmicrobetracker.com/login/login.aspx)* Cornell大学主持的食源性致病菌的数据库项目，主要有表型和PFGE分型资料。最大的特点可以提交自己的PFGE数据与数据库中的比对，但可能我使用不当或理解不对，比对出来的结果总是完全对不上，不知道它具体的算法。
-*
+* *[Food Microbe Tracker](http://www.foodmicrobetracker.com/login/login.aspx)*S Cornell大学主持的食源性致病菌的数据库项目，主要有表型和PFGE分型资料。最大的特点可以提交自己的PFGE数据与数据库中的比对，但可能我使用不当或理解不对，比对出来的结果总是完全对不上，不知道它具体的算法
+* *[Genomespace](http://www.genomespace.org/)* 基于web界面的基因组分析工具
 
 ### 讲座课件
 在线的各种PPT讲座课件，这里选择一些基础简介的可见和一些与微生物测序内容相关的课件

diff --git a/appendix/a5.md b/appendix/a5.md
@@ -11,4 +11,4 @@
 * ABySS
 * MIRA
 * SOAPdenovo
-* 
+*
diff --git a/book.json b/book.json
@@ -1,12 +1,16 @@
 {
     "plugins": [
-        "disqus"
+        "disqus",
+        "ga"
     ],
     "pluginsConfig": {
         "disqus": {
             "disqus": {
                 "shortName": "bac-ngs-book"
             }
+        },
+        "ga": {
+            "token": "UA-55420348-1"
         }
     }
-}
+}
diff --git a/chapter_1/README.md b/chapter_1/README.md
@@ -1,2 +1,3 @@
-# 单基因组
+# 单基因组分析
 
+分析流程
diff --git a/chapter_1/annotation.md b/chapter_1/annotation.md
@@ -1 +1,3 @@
 # Annotation
+
+incoming...
diff --git a/chapter_1/download_sra.md b/chapter_1/download_sra.md
@@ -0,0 +1,9 @@
+# 测序数据的获得
+
+以 illumina MiSeq 数据为例，其他测序工具获得的数据会在附录中探讨。
+
+1. 访问NCBI-SRA数据库(如果要研究RNA表达谱可以到GEO数据库搜索测序数据)
+2. 搜索关键测获得目标
+3. 下载sra格式的文件
+
+批量下载数据的方法
diff --git a/chapter_2/mapping.md b/chapter_2/mapping.md
@@ -1,3 +1,16 @@
 # mapping
 
 ### MUMmer
+
+1. 安装 MUMmer
+
+```
+$ cd ~/app
+app$ wget http://nchc.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer/3.23/MUMmer3.23.tar.gz
+app$ tar zxvf MUMmer3.23.tar.gz
+app$ cd MUMmer3.23
+app$ make install
+app$ sudo ln -s `pwd`/bin/* /usr/local/sbin/
+```
+
+2. 
diff --git a/chapter_3/phy.md b/chapter_3/phy.md
@@ -1,2 +1,3 @@
 # 进化分析与进化树绘制
 
+incoming...
diff --git a/chapter_4/16s.md b/chapter_4/16s.md
@@ -1 +1,3 @@
 # 16s 分析种群结构
+
+incoming...
diff --git a/chapter_4/shotgun.md b/chapter_4/shotgun.md
@@ -1,3 +1,3 @@
 # shotgun 测序获得病原
 
-upcoming...
+incoming...
diff --git a/node_modules/gitbook-plugin-disqus/.npmignore b/node_modules/gitbook-plugin-disqus/.npmignore
diff --git a/node_modules/gitbook-plugin-disqus/LICENSE b/node_modules/gitbook-plugin-disqus/LICENSE
-Original file line number
+Diff line change
@@ Expand Up / @@ -11,4 +11,4 @@ @@
     * ABySS
     * MIRA
     * SOAPdenovo
-    *
+    *