Human Metabolic Network

Scope: This proyect aims to bla bla bla

Estructura de este proyecto

Carpetas

• source incluye todos los archivos ejecutables, y codigos a utilizar en el proyecto. Eg. .py, .r, .rmd. Incluye ademas runtime.sh, con las instrucciones SBATCH para ejecución en el cluster.
• data incluye todos los modelos .json y tablas con valores de metabolitos y reacciones para los analisis.
• results incluye todos los modelos de redes .gephx para analisis, tablas .tsv, y objetos .pickle y .rds intermedios.
• doc incluye los .md (y posiblemente) .rmd usados para la publicación.
  • img incluye las figuras generadas. .png, .svg o demás, que se incluyan en la publicación.

El proyecto no es aun publico, por lo que no se incluye una documentación aparte de los README.md y docstrings presentes en el código. Eventualmente incluir una documentación via Github Pages.

Flow del proyecto

.gitignore

Los achivos marcados como tmp.* son excluidos, en base a que sean archivos borrador. Incluye omisión de proyectos de RStudio (.RData. .Rhistory, ...); y finalmente archivos de claves .pem como precaución.

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References

De Martino, Daniele, Anna MC Andersson, Tobias Bergmiller, Călin C. Guet, y Gašper Tkačik. 2018. «Statistical Mechanics for Metabolic Networks during Steady State Growth». Nature Communications 9 (1): 2988. https://doi.org/10.1038/s41467-018-05417-9.