大致学习了qiime2的基于插件的框架,在这里模拟一个demo。
以下是涉及到的4个包:
- q2:框架管理器
- q2-sv:结构变异calling插件
- q2-snv: 点突变calling插件
- q2-igv: 画图插件
4个包通过"pip isntall ."安装,也可以通过"pip install -e ."来预安装,方便调试。
下面展示各个接口:
q2
q2 sv/sv-batch
q2 snv
q2 igv
sv, snv, **igv **三个插件包通过'Q2.plugins'入口组进行统一管理。
click给出了一个基于本地plugins的方法,也可以借鉴:click/examples/complex at main · pallets/click (github.com)