Skip to content

Commit

Permalink
re-factored DNA algorithm
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@naishasinha
naishasinha committed Jun 7, 2024
1 parent 6203f0e commit 8b77b0c
Show file tree
Hide file tree
Showing 8 changed files with 1,281 additions and 123 deletions.
293 changes: 236 additions & 57 deletions client/src/components/d3/SDSimulation.js
View file

Large diffs are not rendered by default.

3 changes: 3 additions & 0 deletions client/src/components/simulation/index.js
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -33,8 +33,11 @@ function Simulation() {
data.append('pilFile', fileList[0])

dispatch(runSim(data, setSimData))

console.log("handleSubmit was called");
}


// Callback triggered by clear button
const handleReset = (e) => {
console.log("handleReset not yet implemented")
Expand Down
331 changes: 330 additions & 1 deletion client/src/components/tutorial/index.js
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -45,7 +45,336 @@ function Tutorial() {
const content = JSON.parse(children)
if (content.name != 'undefined') { // has pre-defined simulation data
// var simData =
// { strands: [], conformation: [], energy: [], time: [] }
// {
// "strands": [
// "AGATAGCTGA",
// "TCTATCGACT"
// ],
// "conformation": [
// "......((((+))))((((((+))))))",
// "......((((+)))).((((.+.)))).",
// "......((((+)))).((((.+.)))).",
// "......(((.+.)))..(((.+.)))..",
// "......(((.+.))).(((((+))))).",
// ".....(((((+)))))(((((+))))).",
// "........((+))..((((((+))))))",
// ".....(((((+)))))(((((+))))).",
// ".....(((((+)))))(((((+))))).",
// ".......(((+)))..(((((+))))).",
// ".....((((.+.))))((((.+.)))).",
// "........(.+.)..(((((.+.)))))",
// ".......((.+.)).((((((+))))))",
// ".......((.+.)).((((((+))))))",
// "......(((.+.)))..(((.+.)))..",
// ".....((((.+.))))((((.+.)))).",
// ".........(+)...(((((.+.)))))",
// ".......(((+))).(((((.+.)))))",
// ".......((.+.))..((((.+.)))).",
// "........(.+.)..(((((.+.)))))",
// "......((..+..))((((((+))))))",
// "......(((.+.))).(((((+))))).",
// "......(((.+.)))(((((.+.)))))",
// "......(((.+.))).(((((+))))).",
// "......(((.+.))).(((((+))))).",
// "......(((.+.))).(((((+))))).",
// "......(((.+.)))(((((.+.)))))",
// "....(((((.+.)))))..(.+.)....",
// "...(((((((+)))))))..(+).....",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((.((+)).)))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((.((((((.+.)))))).)) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((...+...)))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((..+..)))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "(((((((.(.+.).))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((.((((.+.)))).)))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".(((.(((((+))))).))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((.((((+)))).)))). ......",
// "(((((.(((.+.))).))))) ......",
// "((((((((..+..)))))))) ......",
// "((((((((..+..)))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((..+..)))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "(((((.(((.+.))).))))) ......",
// "...((((((.+.))))))... ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "...((((((.+.))))))... ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((.((((+)))).)))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".(((((((.(+).))))))). ......",
// "((((((.((.+.)).)))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "(((((((.(.+.).))))))) ......",
// "(((((.(((.+.))).))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((...+...)))))). ......",
// ".((((((...+...)))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// "...((((((.+.))))))... ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// "((((((((((+)))))))))) ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......",
// ".((((((((.+.)))))))). ......"
// ],
// "energy": [
// 20.999572362025956,
// 9.879572362025955,
// 9.879572362025955,
// 13.079572362025953,
// 9.499572362025955,
// 9.329572362025957,
// 10.709572362025956,
// 9.329572362025957,
// 9.329572362025957,
// 9.639572362025955,
// 9.209572362025956,
// 10.589572362025955,
// 9.619572362025956,
// 9.619572362025956,
// 13.079572362025953,
// 9.209572362025956,
// 12.479572362025955,
// 9.999572362025956,
// 9.519572362025954,
// 10.589572362025955,
// 12.549572362025955,
// 9.499572362025955,
// 9.879572362025955,
// 9.499572362025955,
// 9.499572362025955,
// 9.499572362025955,
// 9.879572362025955,
// 12.649572362025953,
// 12.059572362025957,
// -1.0752138189870202,
// 2.0347861810129793,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 2.5347861810129775,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// 1.1447861810129787,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// 1.5947861810129815,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// 1.6547861810129803,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// 3.264786181012978,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// 3.6447861810129787,
// -0.9552138189870192,
// 2.3547861810129795,
// 1.974786181012977,
// 1.5947861810129815,
// 1.5947861810129815,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 1.5947861810129815,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 1.974786181012977,
// 1.264786181012978,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// 1.264786181012978,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 2.3547861810129795,
// -1.0752138189870202,
// 2.754786181012979,
// 1.2547861810129781,
// -1.0752138189870202,
// 1.6547861810129803,
// 1.974786181012977,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 1.1447861810129787,
// 1.1447861810129787,
// -1.0752138189870202,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202,
// 1.264786181012978,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -0.9552138189870192,
// -1.0752138189870202,
// -1.0752138189870202
// ],
// "time": [
// 0.0,
// 1.3777287513428606e-07,
// 2.5293141122227776e-07,
// 3.649222387798077e-07,
// 4.919134460906206e-07,
// 6.137006777284282e-07,
// 7.361303622589032e-07,
// 8.75441668140903e-07,
// 9.820459612694137e-07,
// 1.1241025587480098e-06,
// 1.260947564245725e-06,
// 1.377659616767231e-06,
// 1.4922262011963608e-06,
// 1.6280762108614768e-06,
// 1.7767770788657887e-06,
// 1.911031273168336e-06,
// 2.0591073314905175e-06,
// 2.205858827694787e-06,
// 2.3359765529047153e-06,
// 2.4863311359562377e-06,
// 2.612635070123671e-06,
// 2.7371676154703796e-06,
// 2.8561350557859973e-06,
// 2.971968876138715e-06,
// 3.0995950891429027e-06,
// 3.247258634130087e-06,
// 3.35405958786806e-06,
// 3.499542959198395e-06,
// 3.63539235131952e-06,
// 3.874291256429038e-06,
// 4.142073906587786e-06,
// 4.376441791219163e-06,
// 4.603614915963496e-06,
// 4.823989403031879e-06,
// 5.066873078884211e-06,
// 5.248802424135559e-06,
// 5.492795282722769e-06,
// 5.724483019274801e-06,
// 5.957689739713869e-06,
// 6.126070247111477e-06,
// 6.344193935936988e-06,
// 6.538688201276961e-06,
// 6.791086394666315e-06,
// 7.0333003044440506e-06,
// 7.251429648848891e-06,
// 7.449953668692944e-06,
// 7.688103876777998e-06,
// 7.92068360120888e-06,
// 8.200169201445914e-06,
// 8.39106125124488e-06,
// 8.57224145583855e-06,
// 8.831926532248147e-06,
// 9.006016201504707e-06,
// 9.233426022335097e-06,
// 9.45757347925157e-06,
// 9.658914977610493e-06,
// 9.854714405441477e-06,
// 1.007301342054994e-05,
// 1.0284175118835049e-05,
// 1.0490981195071054e-05,
// 1.0679300742261095e-05,
// 1.0892228859389378e-05,
// 1.110290826569321e-05,
// 1.1301678178240945e-05,
// 1.150137015589738e-05,
// 1.167993093709746e-05,
// 1.1893851982624922e-05,
// 1.2137571156328744e-05,
// 1.2349437003296456e-05,
// 1.2592756996927932e-05,
// 1.2800007723547844e-05,
// 1.3000232617790863e-05,
// 1.318622940521188e-05,
// 1.3413900411672668e-05,
// 1.3667393932493306e-05,
// 1.3861270128763902e-05,
// 1.4079712601141529e-05,
// 1.427516850643987e-05,
// 1.4457135799917273e-05,
// 1.463431915579769e-05,
// 1.4852858947996672e-05,
// 1.50849781624405e-05,
// 1.529205700121172e-05,
// 1.5475813443139253e-05,
// 1.569477661237553e-05,
// 1.593327877691762e-05,
// 1.617823302397543e-05,
// 1.637405391783169e-05,
// 1.6561873363267655e-05,
// 1.681820369640885e-05,
// 1.7052805671297223e-05,
// 1.7241497925802857e-05,
// 1.7433759892505278e-05,
// 1.7671044354887643e-05,
// 1.7903068852594993e-05,
// 1.8112427880771655e-05,
// 1.833294591522167e-05,
// 1.853875935676096e-05,
// 1.8699640169703826e-05,
// 1.8908845333335482e-05,
// 1.9093081681992494e-05,
// 1.932091799957431e-05,
// 1.9520088097815707e-05,
// 1.9779805666916765e-05,
// 1.9954842702139914e-05
// ]
// }

// console.log("error?");

// handleGetSim(content.name, setSimData)
return <SDSimulation data={simData} />
}
Expand Down
Loading

0 comments on commit 8b77b0c

Please sign in to comment.