Importer des fichiers

Pour que ces commandes fonctionnent, il faut que les fichiers à charger aient été présents lors du build (en local, et dans les exemples de commandes ci-dessous, on place les fichiers csv dans un répertoire intitulé data_to_import dans la partie web-backend). Exemple de commande (web-backend) pour intégrer au build :

docker-compose -f preproduction.yml down  (éteindre le back s’il était lancé)
docker-compose -f preproduction.yml build (faire un build)
docker-compose -f preproduction.yml up -d  (relancer le back => il faudra également faire un down/up -d au niveau du front pour que les changements au niveau du back soit pris en compte par le front)

Charger des fichiers correspondants aux ontologies

Commande de base :

django python manage.py load_onto_init path_to_onto_csv_file 

Exemple :

docker-compose -f preproduction.yml run --rm django python manage.py load_onto_init data_to_import/onto_init.csv
docker-compose -f preproduction.yml run --rm django python manage.py load_onto_init data_to_import/onto_bioType_Patho.csv

Charger des fichiers correspondants aux datasets

Commande de base :

django python manage.py load_dataset   path_to_csv_file   path_to_loom_dir
docker-compose -f preproduction.yml run --rm django python manage.py load_dataset data_to_import/dataset_2022_09_06.csv data_to_import/loom/ 

Charger des fichiers correspondants aux studies

Commande de base:

django python manage.py load_studies   path_to_csv_file   path_to_loom_dir
django python manage.py load_studies path_to_csv_file
docker-compose -f preproduction.yml run --rm django python manage.py load_dataset data_to_import/dataset_2022_09_06.csv data_to_import/loom/