Added stop-codon introducing nucleotides, added longer reference.

data/mhv.fa

@@ -0,0 +1,228 @@
+>MHV nsp1-11
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCT
+TCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACC
+CTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAG
+GAAAAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGAATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAATGCT
+GTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATTTTTGTAGATGAGGATCCCCAGAAGGTGGAGG
+CCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCCGTCTTGGTTAAGCCATCCAAGCGCT
+TGTCTATTCAGGCATGGACTAATTTGGGTGTGCTTCCCAAAACAGCTGCCATGGGGTTGT
+TCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAACACCAGGGAGTGCTCTTGTGACGCCCACGTGGCCTTTC
+ACCTTTTTACGGTCCAACCCGATGGTGTATGCCTGGGTAATGGCCGTTTTATAGGCTGGT
+TCGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAACCCTGGTCCATCC
+TTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAAGGGTCTGTGACATCCGGCCACTTCCGCCGCGCTGTTA
+CCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTAGAGGATGCTTGTGAGGAGGTTCATCTTAACCCGA
+AGGGTAAGTACTCCTGCAAGGCGTATGCTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAGCCCA
+TCCTGTTTGTGGACCAGTATGGTTGCGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGG
+ACTATGGCGATCTCACCTTGAGTGAGATGAAGGAGTTGTTCCCTGTGTGGCGTGACTCCT
+TGGATAGTGAAGTCCTTGTGGCTTGGCACGTTGATCGAGATCCTCGGGCTGCTATGCGTC
+TGCAGACTCTTGCTACTGTACGTTGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACCGAGGATGTGG
+TGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTCGCAGCCAATGCCATTGTTA
+AAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTCT
+GTTATAAAACCAAGCTGTGTGAATGCGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGTT
+GTGGTGACACCTGCGATTTTCGTGGGTGGGTTGCCGGCAATATGATGGATGGCTTTCCAT
+GTCCAGGGTGTACCAAAAATTATATGCCCTGGGAATTGGAGGCCCAGTCATCAGGTGTTA
+TACCAGAAGGAGGTGTTCTATTCACTCAGAGCACTGATACAGTGAATCGTGAGTCCTTTA
+AGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTGCCCAG
+GTATGTGGCTTCCAGTAATTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAG
+GAGTAGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAAGAGACAGACGCTATATGTCGTTCTCTGTATA
+TGGATTATGTCCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGAGCAGAGAGCTATCCTTGGATTGGACG
+ATGTCTATCATAGACAGTTGCTTGTGAATAGGGGTGACTATAGTCTCCTCCTTGAGAATG
+TGGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTCGCCACCTGTGGAGATG
+GTCTTGTACCCCTCCTACTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTGATTAAGAGTG
+GTCAAGCTTTCACCTCTATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGACTGACATGTGTATGG
+ACATGGCTTTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGGTTA
+CTGGCAAACTGGCCGTGCGCTTTAAAGCGTTGGGTGTAGCCGTTGTCAGAAAAATTACTG
+AATGGTTTGATTTAGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGC
+TGGTAAATGGCTTATTTGCAGTGGCCAATGGTGTTATAACCTTTGTACAGGAGGTGCCTG
+AGCTTGTCAAGAATTTTGTTGACAAGTTCAAGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTA
+TGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAATAGGGTGTGTC
+TTGCTGGCAGTAAGGTTTATGAAGTTGTGCAGAAATCTTTGTCTGCATATGTTATGCCTG
+TGGGTTGCAGTGAAGCCACTTGTTTGGTGGGTGAGATTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATG
+ATGTTGTTGATGTGGTTAAAGCCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTT
+CTTTCGAGAAGATTTGTATTGTGGATAAATTGTATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTTT
+ACCCTGTGGTTGTTGATAACGACACTGTTGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGGTTTCCCT
+GTGCGGGCAAGAAAGTCGAGTTTAACGACAAGCCCAAAGTCAGGAAGATACCCTCCACCC
+GTAAGATTAAGATCACCTTCGCACTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTTTCGAAGGCGT
+GTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTG
+ACGCAGTTGAGAGTACGCTCAGCCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTT
+GTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGGAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAGGGAGGCGATG
+AAGTGATCGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTTG
+CAGCGGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGAAGACTCAGCAGTCC
+TTGTCGCTGATACCCAAGAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGGGCAGGTTGAGGCGGATTCGG
+AAATTTGCGTTGCGCATACTGGTAGTCAAGAAGAATTGGCTGAGCCTGATGCTGTCGGAT
+CTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGGAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAG
+GGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGCTGTAGATGCCTGCCCCGATCAAG
+TGGAGGCATTTGAAATTGAAAAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAAC
+TTAATGCGCCAGCGGACAAGACCTATGAGGATGTCTTGGCATTCGATGCCGTATGCTCAG
+AGGCGTTGTCTGCATTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGAT
+TCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCTACTTTGATAGTAATGC
+AGAGTCTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGG
+CCGGCTATGACCAATGCTTTGTGGACAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAAGTCTATTATCC
+TTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTTCTTTCTAAGCCAGTGTAGCTTTA
+AAGCTTATGCTAACTGGCGTTGTTTAGAGTGTGACATGGAGTTAAAGCTTCAAGGCTTGG
+ACGCCATGTTTTTCTATGGGGACGTTGTGTCTCATATGTGCAAGTGTGGTAATAGCATGA
+CCTTGTTGTCTGCAGATATACCCTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTT
+GCGCTTTTTACACGCCAAGAAAGGTCTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATT
+GTCACTCTATGGCTGTAGTAGAGGGCAAGCAAATTGATGGTAAAGTGGTTACCAAATTTA
+TTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTTACGGGATGACATTTAGTATGTCTCCTTTTG
+AACTCGCCCAGTTATATGGTTCATGTATAACACCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATG
+TTATAAAGGTTGTTCGCTTAGTTAATGCTGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGTA
+TGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTGAAAAGGCGGGCAGTGCTTTTATTA
+AAGAAACCTCCGATATGGTGAAGGCTCAGGGCGTTTGCCAGGTTGGTGAATGCTATGAAT
+CTGCCGGTGGTAAGTTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTAGGGCCAGATGCGCGAGGGC
+ATGGCAAGCAATGCTATTCACTTTTAGAGCGTGCTTATCAGCATATTAATAAGTGTGACA
+ATGTTGTCACTACTTTAATTTCGGCTGGTATATTTAGTGTGCCTACTGATGTCTCCCTAA
+CTTACTTACTTGGTGTAGTGACAAAGAATGTCATTCTTGTCAGTAACAACCAGGATGATT
+TTGATGTGATAGAGAAGTGTCAGGTGACCTCCGTTGCTGGTACCAAAGCGCTATCACTTC
+AATTGGCCAAAAATTTGTGCCGTGATGTAAAGTTTGTGACGAATGCATGTAGTTCGCTTT
+TTAGTGAATCTTGCTTTGTCTCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAAGCGCTGCGAC
+ATGATATACAATTGGATGATGATGCTCGTGTCTTTGTGCAGGCTAATATGGACTGTCTGC
+CCACAGACTGGCGTCTCGTTAACAAATTTGATAGTGTTGATGGTGTTAGAACCATTAAGT
+ATTTTGAATGCCCGGGCGGGATTTTTGTATCCAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTC
+AGAATGGTTCATTTAAGGAGGCGAGTGTTAGCCAAATAAGGGCTTTACTCGCTAATAAGG
+TTGATGTCTTGTGTACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGCGTAGCAGAGGGTG
+AAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTA
+GGTGTAGTGCCATTTACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGATTTGTCCGAGGCAG
+ATCTTGTGGCTGTTAAAGATGCCTTTGGTTTTGATGAACCACAACTGCTGAAGTACTACA
+CTATGCTTGGCATGTGTAAGTGGTCAGTAGTTGTTTGTGGCAATTATTTTGCTTTCAAGC
+AGTCAAATAATAATTGCTATATAAATGTGGCATGTTTAATGCTGCAACACTTGAGTTTAA
+AGTTTCCTAAGTGGCAATGGCAAGAGGCTTGGAACGAGTTCCGCTCTGGTAAACCACTAA
+GGTTTGTGTCCTTGGTATTAGCAAAGGGCAGCTTTAAATTTAATGAACCTTCTGATTCTA
+TCGATTTTATGCGTGTGGTGCTACGTGAAGCAGATTTGAGTGGTGCCACGTGCAATTTGG
+AATTTGTTTGTAAATGTGGTGTGAAGCAAGAGCAGCGCAAAGGTGTTGACGCTGTTATGC
+ATTTTGGTACGTTGGATAAAGGTGATCTTGTCAGGGGTTATAATATCGCATGTACGTGCG
+GTAGTAAACTTGTGCATTGCACCCAATTTAACGTACCATTTTTAATTTGCTCCAACACAC
+CAGAGGGTAGGAAACTGCCCGACGATGTTGTTGCAGCTAATATTTTTACTGGTGGTAGTG
+TGGGCCATTACACGCATGTGAAATGTAAACCCAAGTACCAGCTTTATGATGCTTGTAATG
+TTAATAAGGTTTCGGAGGCTAAGGGTAATTTTACCGATTGCCTCTACCTTAAAAATTTAA
+AGCAAACTTTTTCGTCTGTGCTGACGACTTTTTATTTAGATGATGTAAAGTGTGTGGAGT
+ATAAGCCAGATTTATCGCAGTATTACTGTGAGTCTGGTAAATATTATACAAAACCCATTA
+TTAAGGCCCAATTTAGAACATTTGAGAAGGTTGATGGTGTCTATACCAACTTTAAATTGG
+TGGGACATAGTATTGCTGAAAAACTCAATGCTAAGCTGGGATTTGATTGTAATTCTCCCT
+TTGTGGAGTATAAAATTACAGAGTGGCCAACAGCTACTGGAGATGTGGTGTTGGCTAGTG
+ATGATTTGTATGTAAGTCGGTACTCAAGCGGGTGCATTACTTTTGGTAAACCGGTTGTCT
+GGCTTGGCCATGAGGAAGCATCGCTGAAATCTCTCACATATTTTAATAGACCTAGTGTCG
+TTTGTGAAAATAAATTTAATGTGTTGCCCGTTGATGTCAGTGAACCCACGGACAAGGGGC
+CTGTGCCTGCTGCAGTCCTTGTTACCGGCGTCCCTGGAGCTGATGCGTCAGCTGGTGCCG
+GTATTGCCAAGGAGCAAAAAGCCTGTGCTTCTGCTAGTGTGGAGGATCAGGTTGTTACGG
+AGGTTCGTCAAGAGCCATCTGTTTCAGCTGCTGATGTCAAAGAGGTTAAATTGAATGGTG
+TTAAAAAGCCTGTTAAGGTGGAAGGTAGTGTGGTTGTTAATGATCCCACTAGCGAAACCA
+AAGTTGTTAAAAGTTTGTCTATTGTTGATGTCTATGATATGTTCCTGACAGGGTGTAAGT
+ATGTGGTTTGGACTGCTAATGAGTTGTCTCGACTAGTAAATTCACCGACTGTTAGGGAGT
+ATGTGAAGTGGGGTAAGGGAAAGATTGTAACACCCGCTAAGTTGTTGTTGTTAAGAGATG
+AGAAGCAAGAGTTCGTAGCGCCAAAAGTAGTCAAGGCGAAAGCTATTGCCTGCTATTGTG
+CTGTGAAGTGGTTTCTCCTCTATTGTTTTAGTTGGATAAAGTTTAATACTGATAATAAGG
+TTATATACACCACAGAAGTAGCTTCAAAGCTTACTTTCAAGTTGTGCTGTTTGGCCTTTA
+AGAATGCCTTACAGACGTTTAATTGGAGCGTTGTGTCTAGGGGCTTTTTCCTAGTTGCAA
+CGGTCTTTTTATTATGGTTTAACTTTTTGTATGCTAATGTTATTTTGAGTGACTTCTATT
+TGCCTAATATTGGGCCTCTCCCTACGTTTGTGGGACAGATAGTTGCGTGGTTTAAGACTA
+CATTTGGTGTGTCAACCATCTGTGATTTCTACCAGGTGACGGATTTGGGCTATAGAAGTT
+CGTTTTGTAATGGAAGTATGGTATGTGAACTATGCTTCTCAGGTTTTGATATGCTGGACA
+ACTATGATGCTATAAATGTTGTTCAACACGTTGTAGATAGGCGTTTGTCCTTTGACTATA
+TTAGCCTATTTAAATTAGTAGTTGAGCTTGTAATCGGCTACTCTCTTTATACTGTGTGCT
+TCTACCCACTGTTTGTCCTTATTGGAATGCAGTTGTTGACCACATGGTTGCCTGAATTCT
+TTATGCTGGAGACTATGCATTGGAGTGCTCGTTTGTTTGTGTTTGTTGCCAATATGCTTC
+CAGCTTTTACGTTACTGCGATTTTACATCGTGGTGACAGCTATGTATAAGGTCTATTGTC
+TTTGTAGACATGTTATGTATGGATGTAGTAAGCCTGGTTGCTTGTTTTGTTATAAGAGAA
+ACCGTAGTGTCCGTGTTAAGTGTAGCACCGTTGTTGGTGGTTCACTACGCTATTACGATG
+TAATGGCTAACGGCGGCACAGGTTTCTGTACAAAGCACCAGTGGAACTGTCTTAATTGCA
+ATTCCTGGAAACCAGGCAATACATTCATAACTCATGAAGCAGCGGCGGACCTCTCTAAGG
+AGTTGAAACGCCCTGTGAATCCAACAGATTCTGCTTATTACTCGGTCACAGAGGTTAAGC
+AGGTTGGTTGTTCCATGCGTTTGTTCTACGAGAGAGATGGACAGCGTGTTTATGATGATG
+TTAATGCTAGTTTGTTTGTGGACATGAATGGTCTGCTGCATTCTAAAGTTAAAGGTGTGC
+CTGAAACGCATGTTGTGGTTGTTGAGAATGAAGCTGATAAAGCTGGTTTTCTCGGCGCCG
+CAGTGTTTTATGCACAATCGCTCTACAGACCTATGTTGATGGTGGAAAAGAAATTAATAA
+CTACCGCCAACACTGGTTTGTCTGTTAGTCGAACTATGTTTGACCTTTATGTAGATTCAT
+TGCTGAACGTCCTCGACGTGGATCGCAAGAGTCTAACAAGTTTTGTAAATGCTGCGCACA
+ACTCTCTAAAGGAGGGTGTTCAGCTTGAACAAGTTATGGATACCTTTATTGGCTGTGCCC
+GACGTAAGTGTGCTATAGATTCTGATGTTGAAACCAAGTCTATTACCAAGTCCGTCATGT
+CGGCAGTAAATGCTGGCGTTGATTTTACGGATGAGAGTTGTAATAACTTGGTGCCTACCT
+ATGTTAAAAGTGACACTATCGTTGCAGCCGATTTGGGTGTTCTTATTCAGAATAATGCTA
+AGCATGTACAGGCTAATGTTGCTAAAGCCGCTAATGTGGCTTGCATTTGGTCTGTGGATG
+CTTTTAACCAGCTATCTGCTGACTTACAGCATAGGCTGCGAAAAGCATGTTCAAAAACTG
+GCTTGAAGATTAAGCTTACTTATAATAAGCAGGAGGCAAATGTTCCTATTTTAACTACAC
+CGTTCTCTCTTAAAGGGGGCGCTGTTTTTAGTAGAATGTTACAATGGTTGTTTGTTGCTA
+ATTTGATTTGTTTCATTGTGTTGTGGGCCCTTATGCCAACATATGCAGTGCACAAATCGG
+ATATGCAGTTGCCTTTATATGCCAGTTTTAAAGTTATAGATAATGGTGTGCTAAGGGATG
+TGTCTGTTACTGACGCATGCTTCGCAAACAAATTTAATCAATTTGATCAATGGTATGAGT
+CTACTTTTGGTCTTGCTTATTACCGCAACTCTAAGGCTTGTCCTGTTGTGGTTGCTGTAA
+TAGATCAAGACATTGGCCATACCTTATTTAATGTTCCTACCACAGTTTTAAGATATGGAT
+TTCATGTGTTGCATTTTATAACCCATGCATTTGCTACTGATAGCGTGCAGTGTTACACGC
+CACATATGCAAATCCCCTATGATAATTTCTATGCTAGTGGTTGCGTGTTGTCATCCCTCT
+GTACTATGCTTGCGCATGCAGATGGAACCCCGCATCCTTATTGTTATACAGGGGGTGTTA
+TGCACAATGCCTCTCTGTATAGTTCTTTGGCTCCTCATGTCCGTTATAACCTGGCTAGTT
+CAAATGGTTATATACGTTTTCCCGAAGTGGTTAGTGAAGGCATTGTGCGTGTTGTGCGCA
+CTCGCTCTATGACCTACTGCAGGGTTGGTTTATGTGAGGAGGCCGAGGAGGGTATCTGCT
+TTAATTTTAATCGTTCATGGGTATTGAACAACCCGTATTATAGGGCCATGCCTGGAACTT
+TTTGTGGTAGGAATGCTTTTGATTTAATACATCAAGTTTTAGGAGGATTAGTGCGGCCTA
+TTGATTTCTTTGCCTTAACGGCGAGTTCAGTGGCTGGTGCTATCCTTGCAATTATTGTCG
+TTTTGGCTTTCTATTATTTAATAAAGCTTAAACGTGCCTTTGGTGACTACACTAGTGTTG
+TGGTTATCAATGTAATTGTGTGGTGTATAAATTTTCTGATGCTTTTTGTGTTTCAGGTTT
+ATCCCACATTGTCTTGTTTATATGCTTGTTTTTATTTCTACACAACGCTTTATTTCCCTT
+CGGAGATAAGTGTTGTTATGCATTTGCAATGGCTTGTCATGTATGGTGCTATTATGCCCT
+TGTGGTTTTGCATTATTTACGTGGCAGTCGTTGTTTCAAACCATGCATTGTGGTTGTTCT
+CTTACTGCCGCAAAATTGGTACCGAGGTTCGTAGTGACGGCACATTTGAGGAAATGGCCC
+TTACTACCTTTATGATTACTAAAGAATCTTATTGTAAGTTGAAAAATTCTGTTTCTGATG
+TTGCTTTTAACAGGTACTTGAGTCTTTATAACAAGTATCGTTATTTTAGTGGCAAAATGG
+ATACTGCCGCTTATAGAGAGGCTGCCTGTTCACAACTGGCAAAGGCAATGGAAACATTTA
+ACCATAATAATGGTAATGATGTTCTCTATCAGCCTCCAACCGCCTCTGTTACTACATCAT
+TTTTACAGTCTGGTATAGTGAAGATGGTGTCGCCCACCTCTAAAGTGGAGCCTTGTATTG
+TTAGTGTTACTTATGGTAACATGACACTTAATGGGTTGTGGTTGGATGATAAAGTTTATT
+GCCCAAGACATGTTATCTGTTCTTCAGCTGACATGACAGACCCTGATTATCCTAATTTGC
+TTTGTAGAGTGACATCAAGTGATTTTTGTGTTATGTCTGGTCGTATGAGCCTTACTGTAA
+TGTCTTATCAAATGCAGGGCTGCCAACTTGTTTTGACTGTTACACTGCAAAATCCTAACA
+CGCCTAAGTATTCCTTCGGTGTTGTTAAGCCTGGTGAGACATTTACTGTACTGGCTGCAT
+ACAATGGCAGACCTCAAGGAGCCTTCCATGTTACGCTTCGTAGTAGCCATACCATAAAGG
+GCTCCTTTCTATGTGGATCCTGCGGTTCTGTAGGATATGTTTTAACTGGCGATAGTGTAC
+GATTTGTTTATATGCATCAGCTAGAGTTGAGTACTGGTTGTCATACCGGTACTGACTTTA
+GTGGGAACTTTTATGGTCCCTATAGAGATGCGCAAGTTGTACAATTGCCTGTTCAGGATT
+ATACGCAGACTGTTAATGTTGTAGCTTGGCTTTATGCTGCTATTTTTAACAGATGCAACT
+GGTTTGTGCAAAGTGATAGTTGTTCCCTGGAGGAGTTTAATGTTTGGGCTATGACCAATG
+GTTTTAGCTCAATCAAAGCCGATCTTGTCTTGGATGCGCTTGCTTCTATGACAGGCGTTA
+CAGTTGAACAGGTGTTGGCCGCTATTAAGAGGCTGCATTCTGGATTCCAGGGCAAACAAA
+TTTTAGGTAGTTGTGTGCTTGAAGATGAGCTGACACCAAGTGATGTTTATCAACAACTAG
+CTGGTGTCAAGCTACAGTCAAAGCGCACAAGAGTTATAAAAGGTACATGTTGCTGGATAT
+TGGCTTCAACGTTTTTGTTCTGTAGCATTATCTCAGCATTTGTAAAATGGACTATGTTTA
+TGTATGTTACTACCCATATGTTGGGAGTGACATTGTGTGCACTTTGTTTTGTAAGCTTTG
+CTATGTTGTTGATCAAGCATAAGCATTTGTATTTAACTATGTATATTATGCCTGTGTTAT
+GCACACTGTTTTACACCAACTATTTGGTTGTGTACAAACAGAGTTTTAGAGGTCTAGCTT
+ATGCTTGGCTTTCACACTTTGTCCCTGCTGTAGATTATACATATATGGATGAAGTTTTAT
+ATGGTGTTGTGTTGCTAGTAGCTATGGTGTTTGTTACCATGCGTAGCATAAACCACGACG
+TCTTTTCTATTATGTTCTTGGTTGGTAGACTTGTCAGCCTGGTATCCATGTGGTATTTTG
+GAGCCAATTTAGAGGAAGAGGTACTATTGTTCCTCACATCCCTATTTGGCACGTACACAT
+GGACTACTATGTTGTCATTGGCTACCGCTAAGGTTATTGCTAAATGGTTGGCTGTGAATG
+TCTTGTACTTCACAGACGTACCGCAAATTAAATTAGTTCTTTTGAGCTACTTGTGTATTG
+GTTATGTGTGTTGTTGTTATTGGGGAATCTTGTCACTCCTTAATAGCATTTTTAGGATGC
+CATTGGGCGTCTACAATTATAAAATCTCCGTTCAGGAGTTACGTTATATGAATGCTAATG
+GCTTGCGCCCACCTAGAAATAGTTTTGAGGCCCTGATGCTTAATTTTAAGCTGTTGGGAA
+TTGGTGGTGTGCCAGTCATTGAAGTATCTCAAATTCAATCAAGATTGACGGATGTTAAAT
+GTGCTAATGTTGTGTTGCTTAATTGCCTCCAGCACTTGCATATTGCATCTAATTCTAAGT
+TGTGGCAGTATTGTAGTACTTTGCACAATGAAATACTGGCTACATCTGATTTGAGCGTGG
+CCTTCGATAAGTTGGCTCAGCTCTTAGTTGTTTTATTTGCTAATCCAGCAGCAGTGGATA
+GCAAGTGCCTTGCAAGTATTGAAGAAGTGAGCGATGATTACGTTCGCGACAATACTGTCT
+TGCAAGCCTTACAGAGTGAATTTGTTAATATGGCTAGCTTCGTTGAGTATGAACTTGCTA
+AGAAGAATCTAGATGAGGCTAAGGCTAGCGGCTCTGCCAATCAACAGCAGATTAAGCAGC
+TAGAGAAGGCGTGTAATATTGCTAAGTCAGCATATGAGCGCGACAGAGCTGTTGCTCGTA
+AGCTGGAACGTATGGCTGATTTAGCTCTTACAAACATGTATAAAGAAGCTAGAATTAATG
+ATAAGAAGAGTAAGGTAGTGTCTGCATTGCAAACCATGCTCTTTAGTATGGTGCGTAAGC
+TAGATAACCAAGCTCTTAATTCTATTTTAGATAATGCAGTTAAGGGTTGTGTACCTTTGA
+ATGCAATACCATCATTGACTTCGAACACTCTGACTATAATAGTGCCAGATAAGCAGGTTT
+TTGATCAGGTTGTGGATAATGTGTATGTCACCTATGCTGGGAATGTATGGCATATACAGT
+TTATTCAAGATGCTGATGGTGCTGTTAAACAATTGAATGAGATAGATGTTAATTCAACCT
+GGCCTCTAGTCATTGCTGCAAATAGGCATAATGAAGTGTCTACTGTTGTTTTGCAGAACA
+ATGAGTTGATGCCTCAGAAGTTGAGAACTCAGGTTGTCAATAGTGGCTCAGATATGAATT
+GTAATACTCCTACCCAGTGTTACTATAATACTACTGGCACGGGTAAGATTGTGTATGCTA
+TACTTAGTGACTGTGATGGTCTCAAGTACACTAAGATAGTAAAAGAAGATGGAAATTGTG
+TTGTTTTGGAATTGGATCCTCCCTGTAAGTTTTCTGTTCAGGATGTGAAGGGCCTTAAAA
+TTAAGTACCTTTACTTTGTGAAGGGGTGTAATACACTGGCTAGAGGCTGGGTTGTAGGCA
+CCTTATCCTCGACAGTGAGATTGCAGGCGGGTACGGCAACTGAGTATGCCTCCAACTCTG
+CAATACTGTCGCTGTGTGCGTTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACGTACTTGGATTATATAA
+AACAGGGTGGAGTTCCCGTTACTAATTGTGTTAAGATGTTATGTGACCATGCTGGCACTG
+GTATGGCCATTACTATTAAGCCGGAGGCAACCACTAATCAGGATTCTTATGGTGGTGCTT
+CCGTTTGTATATATTGCCGCTCGCGTGTTGAACATCCAGATGTTGATGGATTGTGCAAAT
+TACGCGGCAAGTTTGTCCAAGTGCCCTTAGGCATAAAAGATCCTGTGTCATATGTGTTGA
+CGCATGATGTTTGTCAGGTTTGTGGCTTTTGGCGAGATGGTAGCTGTTCCTGTGTAGGCA
+CAGGCTCCCAGTTTCAGTCAAAAGACACGAACTTTTTAAACGGGTTCGGGGTACAAGTG

data/reference.fa → data/sample_6.fa

@@ -1,4 +1,4 @@
->something
+>sample 6
 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

stop/stop.py

@@ -8,6 +8,7 @@
 """
 
 import argparse
+from collections import defaultdict
 
 import Levenshtein
 from Bio import SeqIO
@@ -17,13 +18,13 @@
 def one_stop_mutations(codon):
     """
     """
-    positions = set()
+    positions = defaultdict(list)
 
     for stop_codon in CodonTable.unambiguous_dna_by_id[1].stop_codons:
         if Levenshtein.hamming(codon, stop_codon) == 1:
             for i in range(3):
                 if codon[i] != stop_codon[i]:
-                    positions.add(i)
+                    positions[i].append(stop_codon[i])
     return positions
 
 
@@ -36,7 +37,7 @@ def find_positions(sequence, offset):
         stop_positions = one_stop_mutations(sequence[i:i + 3])
 
         for position in stop_positions:
-            result.append(i + position + 1)
+            result.append((i + position + 1, stop_positions[position]))
 
     return result
 
@@ -59,7 +60,7 @@ def main():
         help='input file in FASTA format')
     parser.add_argument('output_handle', type=argparse.FileType('w'),
         help='output file')
-    parser.add_argument('-o', dest='offset', type=int, default=0,
+    parser.add_argument('-o', dest='offset', type=int, default=1,
         help='offset in the reference sequence (int default=%(default)s)')
 
     try: