Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request #14 from jvivian/add-factor-analysis
Browse files Browse the repository at this point in the history 
Add factor analysis resolves #11
  • Loading branch information
@jvivian
jvivian authored Feb 6, 2024
2 parents b91f477 + 126dd50 commit c17c9b9
Show file tree
Hide file tree
Showing 257 changed files with 22,206 additions and 26 deletions.
Binary file removed .coverage
View file
Binary file not shown.
17 changes: 11 additions & 6 deletions coverage.xml
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,12 +1,12 @@
<?xml version="1.0" ?>
<coverage version="7.3.1" timestamp="1707084314193" lines-valid="164" lines-covered="146" line-rate="0.8902" branches-valid="54" branches-covered="49" branch-rate="0.9074" complexity="0">
<coverage version="7.3.1" timestamp="1707114797177" lines-valid="169" lines-covered="151" line-rate="0.8935" branches-valid="56" branches-covered="51" branch-rate="0.9107" complexity="0">
<!-- Generated by coverage.py: https://coverage.readthedocs.io/en/7.3.1 -->
<!-- Based on https://raw.githubusercontent.com/cobertura/web/master/htdocs/xml/coverage-04.dtd -->
<sources>
<source>/home/jvivian/covid19-drDFM/covid19_drdfm</source>
</sources>
<packages>
<package name="." line-rate="0.8902" branch-rate="0.9074" complexity="0">
<package name="." line-rate="0.8935" branch-rate="0.9107" complexity="0">
<classes>
<class name="cli.py" filename="cli.py" complexity="0" line-rate="1" branch-rate="1">
<methods/>
Expand Down Expand Up @@ -36,10 +36,15 @@
<methods/>
<lines>
<line number="1" hits="1"/>
<line number="56" hits="1"/>
<line number="112" hits="1"/>
<line number="127" hits="1"/>
<line number="146" hits="1"/>
<line number="3" hits="1"/>
<line number="58" hits="1"/>
<line number="114" hits="1"/>
<line number="115" hits="1" branch="true" condition-coverage="100% (2/2)"/>
<line number="116" hits="1"/>
<line number="117" hits="1"/>
<line number="119" hits="1"/>
<line number="134" hits="1"/>
<line number="153" hits="1"/>
</lines>
</class>
<class name="dfm.py" filename="dfm.py" complexity="0" line-rate="0.913" branch-rate="0.7917">
Expand Down
7 changes: 7 additions & 0 deletions covid19_drdfm/constants.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,3 +1,5 @@
from collections import defaultdict

NAME_MAP = {
"Pandemic_1": "Cases1",
"Pandemic_2": "Cases2",
Expand Down Expand Up @@ -109,6 +111,11 @@
"FFR": ("Global", "Uncat"),
}

FACTORS_GROUPED = defaultdict(list)
for key, (_, second) in FACTORS.items():
FACTORS_GROUPED[second].append(key)
FACTORS_GROUPED = dict(FACTORS_GROUPED)

DIFF_COLS = [
"Cases1",
"Cases2",
Expand Down
132 changes: 132 additions & 0 deletions covid19_drdfm/data/example-output/AK/df.tsv
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,132 @@
Time GDP Prod UI UR
2012-02-01 0.6164068416721536 0.6709307585010981 0.14408609899874242 0.4
2012-03-01 0.621369126268051 0.6709307585010981 0.1122897721076911 0.4
2012-04-01 0.6823715730082882 0.6709307585010981 0.10745429985693361 0.3866666666666666
2012-05-01 0.7201480508129824 0.6709307585010981 0.05512905676990382 0.3866666666666666
2012-06-01 0.7105015615464281 0.6709307585010981 0.10152608225421311 0.3866666666666666
2012-07-01 0.6525811755071577 0.6709307585010981 0.09407286549104771 0.3733333333333333
2012-08-01 0.6060805420880557 0.6709307585010981 0.13148584303806 0.3733333333333333
2012-09-01 0.6109846329278866 0.6709307585010981 0.10724131326754076 0.36
2012-10-01 0.5879194573625603 0.6709307585010981 0.19793929163453194 0.36
2012-11-01 0.6442164614911825 0.6709307585010981 0.3061360621220456 0.36
2012-12-01 0.6359996657102006 0.6709307585010981 0.2255652297550041 0.36
2013-01-01 0.6770921850179689 0.0 0.2280251376141953 0.36
2013-02-01 0.6502556855926304 0.6709307585010981 0.06453636226351153 0.3466666666666667
2013-03-01 0.7273742772258296 0.6709307585010981 0.12402012267763596 0.3466666666666667
2013-04-01 0.5873098952179144 0.6709307585010981 0.10163260059686605 0.3466666666666667
2013-05-01 0.5641802033850231 0.6709307585010981 0.08932505371864924 0.3466666666666667
2013-06-01 0.5400082867983307 0.6709307585010981 0.10892330834058091 0.3466666666666667
2013-07-01 0.7805034209619559 0.6709307585010981 0.058616256863757696 0.3466666666666667
2013-08-01 0.7751568136713394 0.6709307585010981 0.12618532851950226 0.3466666666666667
2013-09-01 0.7921401658634863 0.6709307585010981 0.0963279929210932 0.3466666666666667
2013-10-01 0.5602705796001579 0.6709307585010981 0.2421768902759835 0.3466666666666667
2013-11-01 0.5616119572896627 0.6709307585010981 0.2947229178095876 0.33333333333333337
2013-12-01 0.5542663252114519 0.6709307585010981 0.19469741894968798 0.33333333333333337
2014-01-01 0.6771956025949474 0.6901305918451194 0.1804486979513476 0.33333333333333337
2014-02-01 0.6975406611789488 0.6709307585010981 0.12704767042921158 0.33333333333333337
2014-03-01 0.6755643557920494 0.6709307585010981 0.12013359515407576 0.33333333333333337
2014-04-01 0.7029687401246343 0.6709307585010981 0.07921217235477812 0.33333333333333337
2014-05-01 0.706220521880068 0.6709307585010981 0.10122406242086271 0.33333333333333337
2014-06-01 0.7153292372930169 0.6709307585010981 0.10429100328676819 0.33333333333333337
2014-07-01 0.6111041377250467 0.6709307585010981 0.07000526180675472 0.31999999999999995
2014-08-01 0.6361962443248149 0.6709307585010981 0.11144976711107096 0.31999999999999995
2014-09-01 0.6301351633293351 0.6709307585010981 0.09578990577042812 0.30666666666666664
2014-10-01 0.5295629292596407 0.6709307585010981 0.17172887274118998 0.28
2014-11-01 0.5357992890571851 0.6709307585010981 0.27729655144008725 0.2666666666666667
2014-12-01 0.5459360694544858 0.6709307585010981 0.21581261480659364 0.2533333333333333
2015-01-01 0.4933860342845025 0.8591709228043908 0.16073436663761825 0.24
2015-02-01 0.39133278422322626 0.6709307585010981 0.13190219897612218 0.2533333333333333
2015-03-01 0.38228674950566927 0.6709307585010981 0.11903691401997843 0.2533333333333333
2015-04-01 0.6819479128400981 0.6709307585010981 0.07275719059816861 0.2533333333333333
2015-05-01 0.656809246632998 0.6709307585010981 0.05308076206967416 0.2533333333333333
2015-06-01 0.6638021090385847 0.6709307585010981 0.12400004158428166 0.2533333333333333
2015-07-01 0.5757505992860273 0.6709307585010981 0.06637858167142739 0.24
2015-08-01 0.5877020937600063 0.6709307585010981 0.13545413241968687 0.24
2015-09-01 0.6101593227730051 0.6709307585010981 0.1258471948126747 0.24
2015-10-01 0.6166005006397922 0.6709307585010981 0.23933194307069197 0.2533333333333333
2015-11-01 0.6045189410425847 0.6709307585010981 0.2982344488436959 0.2533333333333333
2015-12-01 0.6262390898640361 0.6709307585010981 0.2411146563540022 0.2666666666666667
2016-01-01 0.6218268913301505 0.774400728555791 0.18108697818826558 0.2666666666666667
2016-02-01 0.6391815304710607 0.6709307585010981 0.14504921089698053 0.28
2016-03-01 0.5934462590949157 0.6709307585010981 0.11681255138832379 0.28
2016-04-01 0.7080970658943831 0.6709307585010981 0.09495281366725412 0.28
2016-05-01 0.7359868866891046 0.6709307585010981 0.08060951510601597 0.2933333333333332
2016-06-01 0.7291516259314216 0.6709307585010981 0.07851934698335698 0.2933333333333332
2016-07-01 0.7135596353022643 0.6709307585010981 0.07622147335176178 0.2933333333333332
2016-08-01 0.696689180193885 0.6709307585010981 0.14837293089556208 0.30666666666666664
2016-09-01 0.6929516378683822 0.6709307585010981 0.11420875801948155 0.30666666666666664
2016-10-01 0.7378023525807629 0.6709307585010981 0.22723791467456286 0.30666666666666664
2016-11-01 0.7656909454793792 0.6709307585010981 0.2675140607393116 0.30666666666666664
2016-12-01 0.7429254332089504 0.6709307585010981 0.17757016795080802 0.30666666666666664
2017-01-01 0.7323538767891067 0.7424185238188414 0.2248148594884905 0.2933333333333332
2017-02-01 0.7655461993424407 0.6709307585010981 0.1291275243538341 0.2933333333333332
2017-03-01 0.7972672935453989 0.6709307585010981 0.0980142795818802 0.28
2017-04-01 0.6656121123152663 0.6709307585010981 0.08969926805070813 0.28
2017-05-01 0.7040975319800307 0.6709307585010981 0.06547998092324661 0.28
2017-06-01 0.6848653951925091 0.6709307585010981 0.05171211129733437 0.28
2017-07-01 0.7631244529995055 0.6709307585010981 0.0996368679495716 0.28
2017-08-01 0.7299326898404672 0.6709307585010981 0.13290933317487585 0.28
2017-09-01 0.7081952081824725 0.6709307585010981 0.09028407413057055 0.28
2017-10-01 0.7249881364338913 0.6709307585010981 0.2330396301547218 0.28
2017-11-01 0.7218947361669726 0.6709307585010981 0.28592159802423317 0.28
2017-12-01 0.7249093672816266 0.6709307585010981 0.20955735476028892 0.2666666666666667
2018-01-01 0.6609278851124062 0.28291726490376623 0.19160995328071823 0.2533333333333333
2018-02-01 0.6782284753078431 0.6709307585010981 0.16040635362514152 0.24
2018-03-01 0.6942504408829298 0.6709307585010981 0.09650908867588781 0.22666666666666657
2018-04-01 0.6701090731046015 0.6709307585010981 0.1089714030996026 0.21333333333333337
2018-05-01 0.6710208021234072 0.6709307585010981 0.029545735049214483 0.20000000000000007
2018-06-01 0.6826701985898324 0.6709307585010981 0.050453312885298834 0.20000000000000007
2018-07-01 0.7197686179088395 0.6709307585010981 0.12462263868773787 0.20000000000000007
2018-08-01 0.7217976974583994 0.6709307585010981 0.06500747782321484 0.18666666666666665
2018-09-01 0.7001108841853869 0.6709307585010981 0.1149935143650011 0.18666666666666665
2018-10-01 0.6507496823181886 0.6709307585010981 0.18384039909393668 0.20000000000000007
2018-11-01 0.6708553423466506 0.6709307585010981 0.32053003840755107 0.20000000000000007
2018-12-01 0.6741237090032509 0.6709307585010981 0.2166467015686408 0.20000000000000007
2019-01-01 0.6257482852633167 0.44803639182981514 0.21112718323323998 0.18666666666666665
2019-02-01 0.5994275175881978 0.6709307585010981 0.1460497254908808 0.17333333333333334
2019-03-01 0.581022867246383 0.6709307585010981 0.10700979780831327 0.15999999999999992
2019-04-01 0.6316208854271055 0.6709307585010981 0.053112317398643916 0.1466666666666666
2019-05-01 0.6685910221009247 0.6709307585010981 0.019136035127354928 0.1466666666666666
2019-06-01 0.6681686659419835 0.6709307585010981 0.1362984965529224 0.1466666666666666
2019-07-01 0.7282777117401232 0.6709307585010981 0.08302764632481906 0.1466666666666666
2019-08-01 0.7451096573892022 0.6709307585010981 0.12333359596158489 0.1466666666666666
2019-09-01 0.7396588655575723 0.6709307585010981 0.12254530468033834 0.13333333333333341
2019-10-01 0.6526932992257946 0.6709307585010981 0.2005696490265312 0.12
2019-11-01 0.676616113422199 0.6709307585010981 0.34357552224928156 0.10666666666666669
2019-12-01 0.6456108962880549 0.6709307585010981 0.20879061756490075 0.10666666666666669
2020-01-01 0.5518712805846355 1.0 0.1689552854503726 0.10666666666666669
2020-02-01 0.5626205813947409 0.6709307585010981 0.11383476269107125 0.10666666666666669
2020-03-01 0.6138800449416087 0.6709307585010981 0.1588027269158376 0.10666666666666669
2020-04-01 0.18548916976570584 0.6709307585010981 0.9999999999999999 1.0
2020-05-01 0.06373611065004237 0.6709307585010981 0.1308972280643041 1.0
2020-06-01 0.0 0.6709307585010981 0.10871474536952755 0.9200000000000002
2020-07-01 0.9957808963720891 0.6709307585010981 0.0958626373451043 0.9066666666666665
2020-08-01 0.986287117004685 0.6709307585010981 0.0358803669984015 0.45333333333333337
2020-09-01 0.997992660056092 0.6709307585010981 0.010946571110906522 0.43999999999999995
2020-10-01 0.8907890136135153 0.6709307585010981 0.02270134778887667 0.3866666666666666
2020-11-01 0.8904422706182485 0.6709307585010981 0.16707304289167973 0.3733333333333333
2020-12-01 0.8231783316580503 0.6709307585010981 0.16479839825098805 0.3866666666666666
2021-01-01 0.8532357987090885 0.36380931753505646 0.14377378887040357 0.36
2021-02-01 0.8578370890224951 0.6709307585010981 0.06560191823470822 0.3466666666666667
2021-03-01 0.8148460278859364 0.6709307585010981 0.08684425968862515 0.3466666666666667
2021-04-01 0.7908049676540101 0.6709307585010981 0.08858162541534628 0.3466666666666667
2021-05-01 0.7924606105483781 0.6709307585010981 0.06723860588676225 0.31999999999999995
2021-06-01 0.7829494782701982 0.6709307585010981 0.05680511272516202 0.31999999999999995
2021-07-01 0.8191143053132359 0.6709307585010981 0.0 0.28
2021-08-01 0.8261995895600249 0.6709307585010981 0.04715612640420984 0.2533333333333333
2021-09-01 0.8364256009224009 0.6709307585010981 0.3121435017940396 0.20000000000000007
2021-10-01 0.8730233769786331 0.6709307585010981 0.04351923620271793 0.17333333333333334
2021-11-01 0.8622525100974402 0.6709307585010981 0.1678222464745851 0.1466666666666666
2021-12-01 0.8687237521401663 0.6709307585010981 0.22231875551564176 0.1466666666666666
2022-01-01 0.6200002576047271 0.0 0.14472084152388168 0.15999999999999992
2022-02-01 0.609954600126257 0.0 0.09447220795576386 0.12
2022-03-01 0.5548641901343707 0.0 0.08647078820209839 0.06666666666666665
2022-04-01 1.0 0.0 0.04582352119832925 0.053333333333333344
2022-05-01 0.9297531507320034 0.0 0.05608747404409839 0.026666666666666616
2022-06-01 0.8634609793751494 0.0 0.08795774559793565 0.026666666666666616
2022-07-01 0.7021570233960444 0.0 0.11606828411491946 0.013333333333333308
2022-08-01 0.6461232398439661 0.0 0.10994696757944064 0.026666666666666616
2022-09-01 0.6343537641550312 0.0 0.08860265721166044 0.0
2022-10-01 0.5624905753281257 0.0 0.23839489848276382 0.0
2022-11-01 0.6056468360159089 0.0 0.31468257764404395 0.0
2022-12-01 0.6123202873230487 0.0 0.0 0.0
Binary file added covid19_drdfm/data/example-output/AK/df.xlsx
View file
Binary file not shown.
Loading

0 comments on commit c17c9b9

Please sign in to comment.