init

README.md

@@ -0,0 +1,3 @@
+# FDAtools
+
+Tools for fisheries dependent analysis. Scripts and packages can be shared here for other to use, or for incorporation of general packages. Please make a directory for you contributions and provide a readme file in that directory documenting how to use the scripts.

intercatch/nssk_2019/README.md

@@ -0,0 +1,9 @@
+# Intercatch submission for NSSK
+
+Contains scripts used for produsing SI lines for intercatch submission for NNSK in 2019. Preps BMS under certain assumptions, which will likely not be required for coming year submission. Fleet decompositions (metiers) are merged in from logooks when available. For both logbooks and landing necessary fleet configurations are made in csv files in data/
+
+other configuration of area codes, stocks and metiers are in data/*.csv
+
+data files are not included in repository, but running the code assumes they are in data/
+
+scripts generally assume that the directory where this readme-file is located is the current working directory.

intercatch/nssk_2019/check_wit.R

@@ -0,0 +1,171 @@
+library(readr)
+
+colt <- cols(
+  Dokumentnummer = col_character(),
+  `Dokumenttype (kode)` = col_integer(),
+  Dokumenttype = col_character(),
+  `Dokument versjonsnummer` = col_integer(),
+  `Dokument salgsdato` = col_character(),
+  `Dokument versjonstidspunkt` = col_character(),
+  `Salgslag ID` = col_integer(),
+  `Salgslag (kode)` = col_integer(),
+  Salgslag = col_character(),
+  `Mottakernasjonalitet (kode)` = col_character(),
+  Mottakernasjonalitet = col_character(),
+  Mottaksstasjon = col_character(),
+  `Landingskommune (kode)` = col_integer(),
+  Landingskommune = col_character(),
+  `Landingsfylke (kode)` = col_integer(),
+  Landingsfylke = col_character(),
+  `Landingsnasjon (kode)` = col_character(),
+  Landingsnasjon = col_character(),
+  Produksjonsanlegg = col_character(),
+  `Produksjonskommune (kode)` = col_character(),
+  Produksjonskommune = col_character(),
+  `Fiskerkommune (kode)` = col_integer(),
+  Fiskerkommune = col_character(),
+  `Fiskernasjonalitet (kode)` = col_character(),
+  Fiskernasjonalitet = col_character(),
+  Fartøynavn = col_character(),
+  `Fartøy ID` = col_integer(),
+  `Registreringsmerke (seddel)` = col_character(),
+  `Radiokallesignal (seddel)` = col_character(),
+  `Største lengde` = col_double(),
+  `Lengdegruppe (kode)` = col_integer(),
+  Lengdegruppe = col_character(),
+  `Bruttotonnasje 1969` = col_integer(),
+  `Bruttotonnasje annen` = col_integer(),
+  Byggeår = col_integer(),
+  Ombyggingsår = col_integer(),
+  Motorkraft = col_integer(),
+  Motorbyggeår = col_integer(),
+  `Fartøy gjelder fra dato` = col_character(),
+  `Fartøy gjelder til dato` = col_character(),
+  `Fartøytype (kode)` = col_character(),
+  Fartøytype = col_character(),
+  `Kvotefartøy reg.merke` = col_character(),
+  `Fartøykommune (kode)` = col_integer(),
+  Fartøykommune = col_character(),
+  `Fartøyfylke (kode)` = col_integer(),
+  Fartøyfylke = col_character(),
+  `Fartøynasjonalitet (kode)` = col_character(),
+  Fartøynasjonalitet = col_character(),
+  `Mottakende fartøy reg.merke` = col_character(),
+  `Mottakende fartøy rkal` = col_character(),
+  `Mottakende fartøytype (kode)` = col_character(),
+  `Mottakende fart.type` = col_character(),
+  `Mottakende fartøynasj. (kode)` = col_character(),
+  `Mottakende fart.nasj` = col_character(),
+  Fangstår = col_integer(),
+  `Siste fangstdato` = col_character(),
+  `Kvotetype (kode)` = col_character(),
+  Kvotetype = col_character(),
+  `Redskap (kode)` = col_integer(),
+  Redskap = col_character(),
+  `Redskap - hovedgruppe (kode)` = col_character(),
+  `Redskap - hovedgruppe` = col_character(),
+  `Fangstfelt (kode)` = col_character(),
+  `Kyst/hav (kode)` = col_integer(),
+  `Hovedområde (kode)` = col_character(),
+  Hovedområde = col_character(),
+  `Lokasjon (kode)` = col_character(),
+  `Sone (kode)` = col_character(),
+  Sone = col_character(),
+  Områdegruppering = col_character(),
+  `Hovedområde FAO (kode)` = col_integer(),
+  `Hovedområde FAO` = col_character(),
+  `Nord/sør for 62 grader nord` = col_character(),
+  `Fangstdagbok (nummer)` = col_integer(),
+  `Fangstdagbok (turnummer)` = col_integer(),
+  Landingsdato = col_character(),
+  Landingsklokkeslett = col_character(),
+  `Dellanding (signal)` = col_integer(),
+  `Neste mottaksstasjon` = col_character(),
+  `Forrige mottakstasjon` = col_character(),
+  Linjenummer = col_integer(),
+  `Art - FDIR (kode)` = col_character(),
+  `Art - FDIR` = col_character(),
+  `Art - gruppe (kode)` = col_character(),
+  `Art - gruppe` = col_character(),
+  `Art - hovedgruppe (kode)` = col_character(),
+  `Art - hovedgruppe` = col_character(),
+  `Art FAO (kode)` = col_character(),
+  `Art FAO` = col_character(),
+  `Produkttilstand (kode)` = col_integer(),
+  Produkttilstand = col_character(),
+  `Konserveringsmåte (kode)` = col_integer(),
+  Konserveringsmåte = col_character(),
+  `Landingsmåte (kode)` = col_integer(),
+  Landingsmåte = col_character(),
+  `Kvalitet (kode)` = col_integer(),
+  Kvalitet = col_character(),
+  `Størrelsesgruppering (kode)` = col_integer(),
+  `Anvendelse (kode)` = col_integer(),
+  Anvendelse = col_character(),
+  `Anvendelse hovedgruppe (kode)` = col_integer(),
+  `Anvendelse hovedgruppe` = col_character(),
+  `Antall stykk` = col_integer(),
+  Bruttovekt = col_double(),
+  Produktvekt = col_double(),
+  Rundvekt = col_double()
+)
+
+stocks <- read.csv("data/stocks.csv", sep="\t", header = T, comment.char = "#", stringsAsFactors = F)
+metier <- read.csv("data/fleet.csv", sep="\t", header=T, comment.char = "#", stringsAsFactors = F)
+metierlandings <- read.csv("data/fleet_wo_logbook.csv", sep="\t", header=T, comment.char = "#", stringsAsFactors = F)
+areas <- read.csv("data/areas.csv", sep="\t", header = T, comment.char = "#", colClasses = c("character", "character", "character"), stringsAsFactors = F)
+
+
+
+loc <- default_locale()
+loc$decimal_mark <- ","
+loc$encoding <- "latin1"
+
+load_landings_areas <- function(filename, oldcolnames=F){
+  if (oldcolnames){
+    landings <- read_delim(filename, delim="|", locale = loc, trim_ws=TRUE, na=c("", "na", "NA"), col_names = names(colt$cols), col_types = colt, skip=1)
+  }
+  else{
+    landings <- read_delim(filename, delim="|", locale = loc, trim_ws=TRUE, na=c("", "na", "NA"), col_names = T, col_types = colt)  
+  }
+  land_all_areas <- landings[landings$`Hovedområde (kode)` %in% unique(areas$FDIRarea),]
+  land_all_areas <- land_all_areas[land_all_areas$`Redskap (kode)`!=90,]#oppdrett
+  return(land_all_areas)
+}
+
+landings <- list()
+landings[["2013"]] <- load_landings_areas("data/2013.lss", T)
+landings[["2014"]] <- load_landings_areas("data/2014.lss", T)
+landings[["2015"]] <- load_landings_areas("data/2015.lss", T)
+landings[["2016"]] <- load_landings_areas("data/2016.lss", T)
+landings[["2018"]] <- load_landings_areas("data//FDIR_HI_LSS_FANGST_2018_PR_2019-04-02.psv")
+
+
+plot_landings_bms_timeseries <- function(faospecies="WIT"){
+
+  frac <- c()
+  year <- c()
+  for (l in names(landings)){
+    yl <- landings[[l]]
+    specland<-yl[yl$`Art FAO (kode)`==faospecies,]
+    specland$huc <- specland$`Anvendelse hovedgruppe (kode)`==1
+    a <- aggregate(list(tot=specland$Rundvekt), list(usage=specland$huc), sum)
+    a <- a[order(a$usage),]
+    a$usage <- c("BMS","Landing")
+    frac <- c(frac, a$tot[1]/(a$tot[1]+a$tot[2]))
+    year <- c(year, l)
+  }
+
+  barplot(frac, names.arg = year, ylab="fraction BMS", main=faospecies)
+
+}
+
+
+
+wit_by_usage <- aggregate(list(tot=wit$Rundvekt), list(anv=wit$`Anvendelse hovedgruppe`), sum)
+wit_nonhuc <- wit[wit$`Anvendelse hovedgruppe (kode)`!=1,]
+wit_nonhuc_by_vessel<-aggregate(list(weight=wit_nonhuc$Rundvekt), list(vessel=wit_nonhuc$`Registreringsmerke (seddel)`), sum)
+wit_nonhuc_by_vessel <- wit_nonhuc_by_vessel[order(wit_nonhuc_by_vessel$weight, decreasing=T),]
+
+wit_nonhuc_by_gear<-aggregate(list(weight=wit_nonhuc$Rundvekt), list(gear=wit_nonhuc$Redskap), sum)
+wit_nonhuc_by_gear <- wit_nonhuc_by_gear[order(wit_nonhuc_by_gear$weight, decreasing=T),]

intercatch/nssk_2019/data/areas.csv

@@ -0,0 +1,10 @@
+# maps area definitions. Some of these may be inexact matches, should be inspected by plotting catch coordinates from logbooks
+ICESareatype	ICESarea	FDIRarea
+SubArea	27.4	08
+SubArea	27.4	28
+SubArea	27.4	42
+SubArea	27.4	41
+SubArea	27.4	40
+Div	27.7.d	46
+Div	27.6.a	43
+SubDiv	27.3.a.20	09

intercatch/nssk_2019/data/assembly.csv

@@ -0,0 +1,73 @@
+assembly	HOVEDART_FAO
+#torsk
+DEF	COD
+#sei
+DEF	POK
+#hyse
+DEF	HAD
+#selttvar
+DEF	BLL
+#lysing
+DEF	HKE
+#lange
+DEF	LIN
+#breifalbb
+DEF	MON
+#r�dspette
+DEF	PLE
+#gr�steinbit
+DEF	CAA
+#bl�steinbit
+DEF	CAB
+#flekksteinbit
+DEF	CAS
+#sm�rflyndre
+DEF	WIT
+#brosme
+DEF	USK
+#piggvar
+DEF	TUR
+#lyr
+DEF	POL
+#gapeflyndre
+DEF	PAL
+#glassvar
+DEF	MEG
+#tunge
+DEF	SOL
+#lomre
+DEF	LEM
+#kveite
+DEF	HAL
+#sandflyndre
+DEF	DAB
+#hvitting
+DEF	WHG
+#bl�kveite
+DEF	GHL
+#dyphavsreke pandalus
+CRU	PAN
+#dyphavsreke
+CRU	PRA
+#sj�kreps
+CRU	NEP
+#
+# for WGNSSK
+# add MIS for that which is not DEF, CRU or FIF
+#
+#sild
+MIS	HER
+#makrell
+MIS	MAC
+#Pink cusk-eel*
+MIS	CUS
+$tobis
+MIS	SAN
+#skate og rokke
+MIS	SRX
+#annen fisk
+MIS	MZZ
+#kolmule
+MIS	WHB
+#kr�kebolle
+MIS	URC