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高速化 #19

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rrbox opened this issue Aug 15, 2022 · 5 comments
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高速化 #19

rrbox opened this issue Aug 15, 2022 · 5 comments

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@rrbox
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rrbox commented Aug 15, 2022

SIMD を使用した配列オブジェクトを試作し, 転写, 相補鎖の生成などがどれだけ高速化されるか検証する.
@rrbox
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rrbox commented Aug 15, 2022 •
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#20 相補鎖の生成速度については 2倍以上向上した.

@rrbox
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rrbox commented Aug 15, 2022 •
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複合塩基数の集計にはあまり向かないようであった. むしろ4倍遅くなった.

@rrbox
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rrbox commented Aug 15, 2022 •
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Uint8 の比較を, .< オペレーターを使うとうまくいくかもしれない.

@rrbox
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rrbox commented Aug 15, 2022 •
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SIMDMask を算出する.<演算を検討したが, 実行速度は改善されず, 以前同様4倍ほど遅かった.

@rrbox rrbox changed the title SIMD による高速化 高速化 Aug 16, 2022
@rrbox
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rrbox commented Aug 17, 2022 •
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N を無視しない複合塩基数の集計 の計算で, 以下のような改善が見られた.

  • Accelerate の simd を一部使用した結果, SIMD を使用しない配列と同程度の速度まで改善した(10万塩基).
  • 100 万塩基, 1000 万塩基の計算では, 1.1 倍ほど高速になった.
  • 劇的な高速化はできなかった.

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@rrbox