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title: "Talleres UPWELL/SECOS: ciencia abierta, análisis datos e investigación reproducible"
author:
- name: Dr. Bernardo Broitman
url: http://www.upwell.cl/web/ecologia-de-humboldt/
affiliation: Investigador responsable Ecología de Humboldt
affiliation_url: http://www.upwell.cl/web/ecologia-de-humboldt/
- name: Dr. Carlos Lara
url: https://www.upwell.cl/web/investigadores-jovenes/
affiliation: Investigador joven Paleo-Surgencia
affiliation_url: https://www.upwell.cl/web/paleo-surgencia/
- name: Ms. Álvaro Paredes Lizama
url: https://www.upwell.cl/web/
affiliation: Ingeniero de Desarrollo. Data Observatory Foundation
affiliation_url: https://www.upwell.cl/web/paleo-surgencia/
- name: Dr. Matías Frugone-Álvarez.
url: https://matfrugone.netlify.app
affiliation: Postdoc UPWELL
affiliation_url: https://www.upwell.cl/web/postdocs/
date: "`r Sys.Date()`"
description: |
Bienvenidxs a la website del taller sobre manejo de datos de los Núcleos Milenios UPWELL & SECOS. `Espero que lo disfruten!`
site: distill::distill_website
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```
## Bienvenidxs
Gracias por asistir a este curso de uso, manipulación y análisis de bases de datos y meta-datos del proyecto UPWELL
Diseñamos una serie de talleres prácticos para introducir a un grupo diverso de estudiantes y científicos, jóvenes y no tan jóvenes, para utilizar y aprovechar el poder de los repositorios de datos abiertos en línea, junto con las herramientas computacionales y analíticas necesarias para ello.
```{r, include=FALSE, fig.cap="[Slides](slides/index.html)"}
knitr::include_url("slides/index.html")
```
\
# **Programa de los talleres**
# **Workshop 1: R con Google Earth Engine (GEE)**
(11 de Agosto, UCSC Concepción presencial para estudiantes de postgrado, número de cupos=12)
Responsable [carlos.lara\@ucsc.cl](mailto:[email protected]){.email}
## **Sesión Uno**
### **Matinal**
Profesor Álvaro Paredes Lizama
**Objetivo**: permitir que lxs estudiantes puedan conectar su instalación de R con Google Earth Engine (GEE), para descargar y visualizar imágenes de interés.
**Target group**: Estudiantes, investigadorxs y público en general que desee realizar análisis en percepción remota usando Google Earth Engine desde R.
### **Actividades**
- Instalar/configurar Python desde Conda (requisito para usar GEE desde R).
- Instalar paquetes de R necesarios.
- Activar conexión a GEE desde R.
- Descripción de elementos y estructura de datos en R.
- Buscar y solicitar imágenes.
- Visualizar imágenes de manera interactiva.
**Target Datasets**: No tiene
**Requisites**: R/Rstudio, Conda, una cuenta de Google Earth Engine activada. Nociones basicas de R.
## **Sesión Dos**
Profesor Carlos Lara
### **Vespertino**
- **Objetivo**: permitir que lxs estudiantes puedan realizar análisis básicos sobre imágenes, tales como gráficos y visualizaciones, índices y transformaciones lineales, uso de kernels sobre la imagen, y automatización de procesos.
- **Target group**: estudiantes, investigadorxs y público en general que desee realizar análisis en percepción remota usando Google Earth Engine desde R.
### **Actividades**
- Extracción de datos desde la imagen.
- Gráficos de línea/puntos sobre la imagen (series de tiempo).
- Carga y uso de información vectorial sobre archivos raster.
- Generación de índices espectrales.
- Aplicación de diferentes kernels sobre la imagen.
- Automatización básica del flujo de trabajo.
- **Target Datasets**: No tiene
- **Requisitos**: Rstudio y GEE conectado.
# **Workshop 2: investigación reproducible en Arqueología, Paleoclimatología y Ecología**
## **Sesión Uno**
(12 Agosto. UCSC Concepción presencial para estudiantes de postgrado, número de cupos=15)
### **Matinal**
**Objetivo**: entregar a lxs investigadorxs y estudiantes herramientas para que comprendan, adopten y utilicen la versatilidad de las bases de datos abiertas distribuidas globalmente en Arqueología, Paleoecología, Paleoclimatología y Ecología.
**Target group**: a toda la comunidad vinculada al núcleo milenio UPWELL, particularmente estudiantes jóvenes y investigadores de carrera temprana (ECR)
### **Actividades**
- Introducción a las base de datos y repositorio de acceso abierto (Zenodo, GitHub, Dryad, OSF, figshare, etc)
- Ejemplos de bases de datos utilizadas en arqueología, paleoecológico, paleoclimatología y proyectos ecológicos (P3k14c, Pangea, NOAA, Neotoma, Gnip, Gnir, EML, WHOI, WOD, IODE, etc.)
- Uploading your data: edición de metadata, estructura de datos, generación de DOI para datos, etc.
- Downloading the data: la interface de Rstudio y Jupyter
#### Target Datasets: GitHub de UPWELL
## **Sesión Dos**
### **Vespertino**
- **Objetivo**: introducir a un grupo diverso de estudiantes y ECR en el uso de los repositorios de datos abiertos en investigación centrada en las bases de datos arqueológicas, paleocológicas, paleoclimatológicas y ecológicas.
- **Target group**: a toda la comunidad vinculada al núcleo milenio UPWELL, particularmente estudiantes jóvenes, estudiantes de magíster de los programas nacionales de Ciencias Marinas, Ecología y Arqueología
### **Actividades**
- Utilizando bases de datos en línea
- Buscar, descubrir y descargar bases de datos en línea
- Diagramas y análisis básicos, *y no tan básicos*, usando R, Matlab, Python
- **Target Datasets**: El UPWELL GitHub + Conjuntos de datos disponibles públicamente de interés para los participantes relacionadas a las temáticas del núcleo.
- **Requisitos**: R, Rstudio, Python y Git instalados.
# **Workshop 3 UPWELL: investigación multidisciplinaria integrativa**
(Por definir)
- **Objetivo**: presentar los conjuntos de datos de Upwell y nuestros avances preliminares a una audiencia nacional e internacional. Incluye conferencias de clase mundial sobre el uso de flujos de datos interdisciplinarios para la investigación científica para comprender la co-evolución entre los sistemas sociales y biofísicos, particularmente en las regiones de surgencias marinas, junto con sus impactos locales y duraderos.
- **Target group**: la comunidad de UPWELL junto con los principales investigadores de otros centros nacionales e internacionales (People3000, Neotoma, Hope project, Archaeoglobe, Marum)
### **Actividades**
- Focus Group sobre bases de datos en línea: pasado, presente y futuro
- Comunidades de base de datos emergentes en línea y síntesis.
- Scripts avanzados y análisis
- **Target Datasets**: El UPWELL GitHub + Conjuntos de datos disponibles públicamente de interés para los participantes relacionadas a las temáticas del núcleo.
- **Requisitos**: conocimientos sobre R, Rstudio, Python y Git.
# Pre-requisitos
# Esencial
- Instalar la última versión del Sofware [R](https://www.r-project.org/).
- Instalar la última versión de [RStudio](https://www.rstudio.com/).
- Instalar [Python](https://www.python.org/) > 3.8.
- Instalar [Conda](https://docs.conda.io/en/latest/).
- Instalar la última version de [Git](https://git-scm.com/).
- Crear una cuenta en [GitHub](https://github.com/).
- Únase a una sesión de verificación (*Install Party*) de tecnología previa al curso; los detalles se encuentran en el correo electrónico previo al curso.
### Recomendado
Configure su computadora portátil con lo siguiente:
<aside>
El día de la clase, le proporcionaremos un enlace a un proyecto de GitHub que contiene todos los materiales del curso.
</aside>
#### Algunos de los R packages que vamos a utilizar;
R packages
```{r echo=TRUE, eval = FALSE}
install.packages(c("tidyverse","devtools", "tinytex", "rmarkdown", "usethis", "here", "neotoma"))
```
Una vez que tinytex está instalado, utilícelo para instalar una instalación mínima de LaTeX:
```{r echo=TRUE, eval = FALSE}
tinytex::install_tinytex()
```
Algunos de estos paquetes son grandes, por lo que es mejor instalarlos antes del curso. Si tiene algún problema de instalación, hable con nosotrxs antes del curso o durante la próxima pausa para el café.
<aside>
Usaremos los softwares mencionados anteriormente solo como una copia de seguridad importante en caso de que haya problemas con la conexión del servidor del aula.
</aside>
Nos vemos en los talleres!!,
Matías F-Á\
# Links
# Slides: introducción a R y GitHub (2021)
- [Introducción a R](slides/Introduction_R.html)
- [Introducción a Git](slides/Git_GitHub.html)
- [Taller UCSC](https://docs.google.com/presentation/d/1yW6Zq7-YNCkdMg-hy65gRC1HW60my3ZEjtP1mw2UuSg/edit?usp=sharing)