a5_miseq.md

A5-miseq

A5-miseq 是一个用 perl 开发的针对细菌基因组 de novo assembly 的 pipeline 工具。从名字就可以看出开发者做的主要针对 illumina miseq 产出的测序数据进行拼接的工具。

1. 下载并安装

~/tmp$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/ngopt/a5_miseq_linux_20140604.tar.gz
~/tmp$ tar -zxf a5_miseq_linux_20140604.tar.gz -C ~/app

2. 开始拼装

~/app$ perl bin/a5_pipeline.pl SRR955386_1.fastq SRR955386_2.fastq ~/data/a5_output

Reference

• http://arxiv.org/pdf/1401.5130v2.pdf