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dump2glassanalysis.py

  • lammpsのMDシミュレーションで得られたdump (.lammpstrj) ファイルから 配位数とX-O-X (X: ネットワークフォーマー) の計算を行うプログラム。

dump2glassdescript.py

  • lammpsのMDシミュレーションで得られたdumpファイルから,配位数,$Q^n$ ,ガラス構造を表現する構造記述子を計算するプログラムです。
  • スラブがある系で表面のみに着目したい場合は,最も露出しているSiから の距離 (CUTOFF (default: 5.0 Å))をプログラムで指定して,-s オプショ ンを追加する。

glass_advanced_analysis.py

  • g(r),角度分布,原始リング分布など,より発展的な構造解析を行うプログラムです。
  • --cutoff Si-O=2.3 --cutoff Al-O=2.4 のようにカットオフを指定しながら, --rdf-pair, --angle-triplet, --ring-max オプションで解析の種類を選択できます。
  • --processes オプションを利用することで,複数のdumpファイルを並列(multiprocessing) に解析できます。
  • 解析結果はCSV形式で出力されるため,pandasや可視化ツールで簡単に扱えます。

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