diff --git a/13-Chapter 13. Models with Memory.ipynb b/13-Chapter 13. Models with Memory.ipynb index 1458ba1..7faa35e 100644 --- a/13-Chapter 13. Models with Memory.ipynb +++ b/13-Chapter 13. Models with Memory.ipynb @@ -106,7 +106,7 @@ "d.tank = 1:nrow(d)\n", "\n", "@model function m13_1(S, N, tank)\n", - " tank_size = length(levels(d.tank))\n", + " tank_size = length(levels(tank))\n", " a ~ filldist(Normal(0, 1.5), tank_size)\n", " p = logistic.(a)\n", " @. S ~ Binomial(N, p)\n", @@ -133,7 +133,7 @@ "outputs": [], "source": [ "@model function m13_2(S, N, tank)\n", - " tank_size = length(levels(d.tank))\n", + " tank_size = length(levels(tank))\n", " σ ~ Exponential()\n", " ā ~ Normal(0, 1.5)\n", " a ~ filldist(Normal(ā, σ), tank_size)\n", @@ -225,198 +225,198 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n" + "\n" ] }, "execution_count": 6, @@ -465,1005 +465,1005 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" @@ -1819,230 +1819,230 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" ] }, @@ -2125,230 +2125,230 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" ] }, @@ -2480,236 +2480,236 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" ] }, @@ -2918,8 +2918,8 @@ "Iterations = 501:1:1500\n", "Number of chains = 1\n", "Samples per chain = 1000\n", - "Wall duration = 3.42 seconds\n", - "Compute duration = 3.42 seconds\n", + "Wall duration = 3.24 seconds\n", + "Compute duration = 3.24 seconds\n", "parameters = v, x\n", "internals = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size\n", "\n", @@ -2976,8 +2976,8 @@ "Iterations = 501:1:1500\n", "Number of chains = 1\n", "Samples per chain = 1000\n", - "Wall duration = 2.92 seconds\n", - "Compute duration = 2.92 seconds\n", + "Wall duration = 2.93 seconds\n", + "Compute duration = 2.93 seconds\n", "parameters = v, z\n", "internals = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size\n", "\n", @@ -3037,8 +3037,8 @@ "Iterations = 1001:1:5000\n", "Number of chains = 1\n", "Samples per chain = 4000\n", - "Wall duration = 22.54 seconds\n", - "Compute duration = 22.54 seconds\n", + "Wall duration = 22.22 seconds\n", + "Compute duration = 22.22 seconds\n", "parameters = σ_a, σ_g, ā, a[1], a[2], a[3], a[4], a[5], a[6], a[7], g[1], g[2], g[3], g[4], g[5], g[6], b[1], b[2], b[3], b[4]\n", "internals = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size\n", "\n", @@ -3116,103 +3116,103 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n" + "\n" ] }, "execution_count": 30, @@ -3287,113 +3287,113 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" @@ -3940,102 +3940,102 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" @@ -4086,390 +4086,390 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" diff --git a/14-Chapter 14. Adventures in Covariance.ipynb b/14-Chapter 14. Adventures in Covariance.ipynb index b7fd910..160c470 100644 --- a/14-Chapter 14. Adventures in Covariance.ipynb +++ b/14-Chapter 14. Adventures in Covariance.ipynb @@ -2,10 +2,25 @@ "cells": [ { "cell_type": "code", - "execution_count": 1, + "execution_count": 7, "id": "1743ed37", "metadata": {}, - "outputs": [], + "outputs": [ + { + "name": "stderr", + "output_type": "stream", + "text": [ + "┌ Info: Precompiling Turing [fce5fe82-541a-59a6-adf8-730c64b5f9a0]\n", + "└ @ Base loading.jl:1342\n", + "┌ Info: Precompiling CSV [336ed68f-0bac-5ca0-87d4-7b16caf5d00b]\n", + "└ @ Base loading.jl:1342\n", + "┌ Info: Precompiling StatisticalRethinking [2d09df54-9d0f-5258-8220-54c2a3d4fbee]\n", + "└ @ Base loading.jl:1342\n", + "┌ Info: Precompiling StatisticalRethinkingPlots [e1a513d0-d9d9-49ff-a6dd-9d2e9db473da]\n", + "└ @ Base loading.jl:1342\n" + ] + } + ], "source": [ "using Turing\n", "using DataFrames\n", @@ -42,7 +57,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 2, + "execution_count": 8, "id": "f01dcee2", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -64,7 +79,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 3, + "execution_count": 9, "id": "12db9e64", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -82,7 +97,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 4, + "execution_count": 10, "id": "ca55f875", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -94,7 +109,7 @@ " -0.35 0.25" ] }, - "execution_count": 4, + "execution_count": 10, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -116,7 +131,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 5, + "execution_count": 11, "id": "89890d9c", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -128,7 +143,7 @@ " 2 4" ] }, - "execution_count": 5, + "execution_count": 11, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -147,7 +162,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 6, + "execution_count": 12, "id": "7de5925d", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -167,7 +182,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 7, + "execution_count": 13, "id": "9ef22aac", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -185,7 +200,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 8, + "execution_count": 14, "id": "c570b27d", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -204,7 +219,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 9, + "execution_count": 15, "id": "77442dc0", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -223,7 +238,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 10, + "execution_count": 16, "id": "e22aca56", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -233,119 +248,119 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n" ] }, - "execution_count": 10, + "execution_count": 16, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -494,12 +509,12 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 11, + "execution_count": 17, "id": "7a02c335", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [ - "Random.seed!(22)\n", + "Random.seed!(1)\n", "N_visits = 10\n", "\n", "afternoon = repeat(0:1, N_visits*N_cafes ÷ 2)\n", @@ -520,7 +535,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 12, + "execution_count": 18, "id": "e74ef43a", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -530,113 +545,113 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" ] }, - "execution_count": 12, + "execution_count": 18, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -656,7 +671,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 13, + "execution_count": 19, "id": "f5dbefe2", "metadata": {}, "outputs": [], @@ -667,9 +682,11 @@ " σ_cafe ~ filldist(Exponential(), 2)\n", " Rho ~ LKJ(2, 2)\n", " # build sigma matrix manually, to avoid numerical errors\n", - " (σ₁, σ₂) = σ_cafe\n", - " sc = [[σ₁^2, σ₁*σ₂] [σ₁*σ₂, σ₂^2]]\n", - " Σ = Rho .* sc\n", + "# (σ₁, σ₂) = σ_cafe\n", + "# sc = [[σ₁^2, σ₁*σ₂] [σ₁*σ₂, σ₂^2]]\n", + "# Σ = Rho .* sc\n", + " # the same as above, but shorter and generic\n", + " Σ = (σ_cafe .* σ_cafe') .* Rho\n", " ab ~ filldist(MvNormal([a,b], Σ), N_cafes)\n", " a = ab[1,cafe]\n", " b = ab[2,cafe]\n", @@ -695,7 +712,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 14, + "execution_count": 20, "id": "e6040163", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -705,154 +722,148 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n" + "\n" ] }, - "execution_count": 14, + "execution_count": 20, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -872,12 +883,12 @@ "source": [ "Code 14.14\n", "\n", - "Something is weird with the plot. Maybe my version of the model is just wrong" + "Plot differs from presented in the book due to different seed in data generation." ] }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 15, + "execution_count": 21, "id": "0157b77f", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -887,184 +898,190 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", "\n" ] }, - "execution_count": 15, + "execution_count": 21, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -1083,6 +1100,7 @@ "ylim = extrema(b1) .+ (-0.1, 0.1)\n", "\n", "p = scatter(a1, b1, xlab=\"intercept\", ylab=\"slope\", xlim=xlim, ylim=ylim)\n", + "\n", "scatter!(a2, b2, mc=:white)\n", "\n", "for (x1,y1,x2,y2) ∈ zip(a1, b1, a2, b2)\n", @@ -1101,7 +1119,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 16, + "execution_count": 22, "id": "06092f21", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -1111,299 +1129,305 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" ] }, - "execution_count": 16, + "execution_count": 22, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -1441,7 +1465,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 17, + "execution_count": 23, "id": "d2dc9c7b", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -1451,195 +1475,195 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" ] }, - "execution_count": 17, + "execution_count": 23, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -1671,7 +1695,7 @@ }, { "cell_type": "code", - "execution_count": 18, + "execution_count": 24, "id": "8a77c7de", "metadata": {}, "outputs": [ @@ -1681,322 +1705,328 @@ "\n", "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", "\n", - " \n", + " \n", " \n", " \n", "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", + "\n", - "\n", - "\n", - "\n", - "\n", "\n" ] }, - "execution_count": 18, + "execution_count": 24, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } @@ -2034,10 +2064,58 @@ "# 14.2 Advanced varying slopes" ] }, + { + "cell_type": "markdown", + "id": "8e486194", + "metadata": {}, + "source": [ + "Code 14.18\n", + "\n", + "Takes ~15 minutes to complete" + ] + }, + { + "cell_type": "code", + "execution_count": 26, + "id": "a7595075", + "metadata": {}, + "outputs": [], + "source": [ + "d = DataFrame(CSV.File(\"data/chimpanzees.csv\", delim=';'));\n", + "d.treatment = 1 .+ d.prosoc_left .+ 2*d.condition;\n", + "d.block_id = d.block;\n", + "\n", + "Random.seed!(123)\n", + "\n", + "@model function m14_2(L, tid, actor, block_id)\n", + " tid_len = length(levels(tid))\n", + " act_len = length(levels(actor))\n", + " blk_len = length(levels(block_id))\n", + " g ~ filldist(Normal(), tid_len)\n", + "\n", + " σ_actor ~ filldist(Exponential(), tid_len)\n", + " ρ_actor ~ LKJ(tid_len, 2)\n", + " Σ_actor = (σ_actor .* σ_actor') .* ρ_actor\n", + " alpha ~ filldist(MvNormal(zeros(tid_len), Σ_actor), act_len)\n", + "\n", + " σ_block ~ filldist(Exponential(), tid_len)\n", + " ρ_block ~ LKJ(tid_len, 2)\n", + " Σ_block = (σ_block .* σ_block') .* ρ_block\n", + " beta ~ filldist(MvNormal(zeros(tid_len), Σ_block), blk_len)\n", + " \n", + " for i ∈ eachindex(L)\n", + " p = logistic(g[tid[i]] + alpha[tid[i], actor[i]] + beta[tid[i], block_id[i]])\n", + " L[i] ~ Bernoulli(p)\n", + " end\n", + "end\n", + "\n", + "m14_2_ch = sample(m14_2(d.pulled_left, d.treatment, d.actor, d.block_id), NUTS(), 1000);" + ] + }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, - "id": "0865683e", + "id": "31064bd4", "metadata": {}, "outputs": [], "source": [] diff --git a/docs/13-Chapter 13. Models with Memory.html b/docs/13-Chapter 13. Models with Memory.html index 142174a..d047fc7 100644 --- a/docs/13-Chapter 13. Models with Memory.html +++ b/docs/13-Chapter 13. Models with Memory.html @@ -13172,7 +13172,7 @@

13.1 Example: multilevel tadpoles
d.tank = 1:nrow(d)
 
 @model function m13_1(S, N, tank)
-    tank_size = length(levels(d.tank))
+    tank_size = length(levels(tank))
     a ~ filldist(Normal(0, 1.5), tank_size)
     p = logistic.(a)
     @. S ~ Binomial(N, p)
@@ -13202,7 +13202,7 @@ 
13.1 Example: multilevel tadpoles
     

 
@model function m13_2(S, N, tank)
-    tank_size = length(levels(d.tank))
+    tank_size = length(levels(tank))
     σ ~ Exponential()
     ā ~ Normal(0, 1.5)
     a ~ filldist(Normal(ā, σ), tank_size)
@@ -13323,198 +13323,198 @@ 
13.1 Example: multilevel tadpoles
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
+
 
 

 
@@ -13568,1005 +13568,1005 @@ 
13.1 Example: multilevel tadpoles
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
 
@@ -14975,230 +14975,230 @@ 
13.2 Va
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
 
 
 

@@ -15326,230 +15326,230 @@ 
13.2 Va
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
 
 
 
@@ -15678,236 +15678,236 @@ 
13.3 More than one type of cluster
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
 
 
 
@@ -16142,8 +16142,8 @@ 
13.4 Divirgent trans
 Iterations        = 501:1:1500
 Number of chains  = 1
 Samples per chain = 1000
-Wall duration     = 3.42 seconds
-Compute duration  = 3.42 seconds
+Wall duration     = 3.24 seconds
+Compute duration  = 3.24 seconds
 parameters        = v, x
 internals         = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size
 
@@ -16214,8 +16214,8 @@ 
13.4 Divirgent trans
 Iterations        = 501:1:1500
 Number of chains  = 1
 Samples per chain = 1000
-Wall duration     = 2.92 seconds
-Compute duration  = 2.92 seconds
+Wall duration     = 2.93 seconds
+Compute duration  = 2.93 seconds
 parameters        = v, z
 internals         = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size
 
@@ -16281,8 +16281,8 @@ 
13.4 Divirgent trans
 Iterations        = 1001:1:5000
 Number of chains  = 1
 Samples per chain = 4000
-Wall duration     = 22.54 seconds
-Compute duration  = 22.54 seconds
+Wall duration     = 22.22 seconds
+Compute duration  = 22.22 seconds
 parameters        = σ_a, σ_g, ā, a[1], a[2], a[3], a[4], a[5], a[6], a[7], g[1], g[2], g[3], g[4], g[5], g[6], b[1], b[2], b[3], b[4]
 internals         = lp, n_steps, is_accept, acceptance_rate, log_density, hamiltonian_energy, hamiltonian_energy_error, max_hamiltonian_energy_error, tree_depth, numerical_error, step_size, nom_step_size
 
@@ -16377,103 +16377,103 @@ 
13.4 Divirgent trans
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
 
 
 
@@ -16565,113 +16565,113 @@ 
13.4 Divirgent trans
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+13.5 Multilevel posterior predict
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-13.5 Multilevel posterior predict
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
 
@@ -17247,102 +17247,102 @@ 
13.5 Multilevel posterior predict
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
 
@@ -17394,390 +17394,390 @@ 
13.5 Multilevel posterior predict
 
 
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
 
-  
+  
     
   
 
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-