-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
Notes
Vennik Gisteren: Breadcrumb, viewstack (servable), Layout verbeterd, ATCG legenda, Overlay verbeterd, On-the-fly loaden, spring reflection, plan, product planning verbeterd. Issues op github gezet. Verbeteringen Vandaag: / Blokkades: /
Hommes
Gisteren: Product planning aangepast. Mutations bekeken.
Vandaag: /
Blokkades: up to date komen met programma
Boot
Gisteren: Phylogenetic tree verbeterd, clickable gemaakt.
Vandaag: Selectie op phylogenetic tree maken.
Blokkades: /
Oolbekkink
Gisteren: /
Vandaag: Splash screen & help functie
Blokkades: Tijd
Nieuwdorp Gisteren: Sprint plan, sprint reflection, product planning. ATCG percentages. Refactorying Vandaag: Inlezen annotaties. Blokkades: /
Gerben gisteren: Octopull en checkstyle gedaan. (16 errors) vandaag: / blokkades: Afwezigheid
Boot gisteren: PMD & Findbugs errors geresolved, begonnen met checkstyle. Stijl van Phylogenetic tree. vandaag: Stijl van pHylogenetic tree & link. evt. blokkades: afwezig
Hommes Gisteren: / Vandaag: Product planning Blokkades: /
Vennink gisteren: on-the-fly loaden complexer dan verwacht, vandaag: Product planning & refactoren. Evt. scroll pane stylen blokkades: /
Nieuwdorp
Gisteren: begonnen ATCG percentage on node,
Vandaag: ATCG percentage on node. Product planning
Blokkades: java FX complex.
vanaf donderdag ochtend in principe alleen vennink en nieuwdorp beschikbaar tot zondag avond.
Interactie tussen boom en graph
Zoomen
Highlighten
kleuring
Diff -> heatmap
hoogste niveau gen anotatie Waar zit een gen, en welk pad
active/passive genome
indexering nodes, blast voor mutaties (translocatie)
preprocessing op graven op verschillende niveaus
Oolbekkink gisteren: UML Diagrams maken vandaag: workspace feature blokkades: /
Boot
gisteren: begonnen product vision, gewerkt aan tree.
vandaag: Product vision, all issues that are open
blokkades: geen feedback,
Vennik gisteren: Sequence is klikbaar, state patern met stack geimplementeerd, vandaag: Product vision helpen blokkades: Pull requests blijven te lang open
Hommes gisteren: naar scrollbar gekeken, menubar implementeren vandaag: Scrollbar, menu mergen blokkades: tot 20u de tijd
Nieuwdorp gisteren: Productplanning.pdf vandaag: product vision, sprint reflection blokkades: /
Hommes Gisteren: Dropdown menu, implementatie uitgesteld, scrollbar octopull Vandaag: scrollbar fixen blokkade: kan niet via CSS
Gerben: Gisteren: UML, tool gevonden Vandaag: Diagram afmaken, Workspace blokkade: /
Boot: Gisteren: werk-situatie Vandaag: aan productvision Blokkade: Product vision hulp. Hommes helpt.
Nieuwdorp gisteren: Base counter afgemaakt vandaag: BaseCounter verbeteren, werken aan productplanning & sprintplan (inleveren) blokkade: /
Vennik Gisteren: Base counter gerefactored & gereviewd Vandaag: Meewerken (supervisen) Blokkade: /
René gisteren: graaf getekend in zijn volledigheid, nodes & edges. poging Graaf netjes tekenen. vandaag: pull request van controller branch. werk verplichtingen. blokkade: loader laat zich niet herladen. Boot ook geprobeerd.
Boot gisteren: ook de controllers gesplit, tree factory en node factory vandaag: factories bijschaven. blokkade: /
Gerben gisteren: / vandaag: UML en workspace. blokkade: /
Hommes gisteren: papers bekeken. 5+1, v vandaag: bibtex, dropdown afmaken, scrollbar beginnen blokkade: /
Nieuwdorp gisteren: DNA vandaag: aansluiten op code & efficienter maken blokkade: javafx kennen
Gerben afwezig
Boot Gisteren: Inladen van de newick graphs is gelukt met e notatie, dep herschreven en nieuwe jar gemaakt. Nog niet upstream want geen visualisatie. Vandaag: Verder werken & afmaken. en aparte controler[Tip: grid pane vervangen] blokkades: /
Vennik Gisteren: Graph parser fixed. All nodes are shown recursive Vandaag: Tekenen van de edges blokkades: /
Hommes Gisteren: / Vandaag: Papers zoeken. blokkades:/
Nieuwdorp Gisteren: Architecture design & product vision draft gemaakt Vandaag: Deliverables. blokkades: /.
Vandaag: Planning, review & retrospect.
User test:
- CYS file geladen voor nodes.
- Directory vasthouden zou fijn zijn.
- Hoe beweeg ik?
- Scrollbalkje is veel te klein
- Waar zijn de edges?
- Wat zien we eigenlijk?
- Hoe werkt de schaal van de reference. liniaal in TKK refspace
- Wat zijn de getallen?
- Hoe zien we een variatie? iedere node een variatie toch?
Parsen gaat waarschijnlijk fout. iedere node een in en out edge? zou een keten van nodes moeten zijn vanaf de eerste node. layouts op verschillende niveau's inladen.
Afstappen van layout gebaseerd op TKKref, echt op relatieve verhouding.
Parsefout: TKKref ipv TKK. Referentie genome links laten liggen. coordinaten vanaf 1, IDs vanaf 0
Vragen: ATCG percentages weergeven? Percentage van ATCG wellicht interesant. Op een heel hoog niveau. AT en CG en complement.
Mini map nuttig? Phylogenetic mini-map nuttig.
In de graph view, nodes die geen common ancestor hebben. andere node die paralele convergent evolution. Zodra nodes gaan collapsen Nodes die interessant zijn. Schijnbare common ancestor.
Hoe ziet de end user eruit? Kan varieren. Highly educated clinicians computational biologist. Masters studenten, academisch studenten. Brede
Wat zijn de specs? 4Gb geen overbodige luxe. 32 bits in 3e wereld landen. Idealieter ook menselijk genome. Let wel op moorse law.
Is a questionaire possible? Questionare 10-15 minutes. Of testen met logs. 1 malig Discoverable. Vaak gebruikte functies.
Tips: inlezen in Gen annotatie, tracks downloaden. Donderdag avond draft van sprintplan. Sprintplan efford on a scale.
Boot Gisteren: Started work on exponential notation support for the tree Vandaag: Finish and check functionality of the tree Blokkades: there was an error in the dependency
Oolbekkkink Gisteren: Vandaag: Blokkades:
Vennik Gisteren: Updated the product backlog and updated the wiki Vandaag: / Blokkades: Work commitments
Nieuwdorp Gisteren: Workflow/document flow gemaakt, checked rubics for missing points. Vandaag: Architecture Design & Product vision Blokkades: Not clear what the requirements are for those deadline.
Hommes Gisteren: Catched up on the code & set up octopull Vandaag: Looked at the open issues Blokkades: Other commitments.
Boot Gisteren: Newick format file reader, werkt alleen niet met e-machten Vandaag: e-machten support erin en omzetten naar JGrapht zodat hij weergegeven kan worden met de huidige graph controller. (Later een aparte controller) Blokkades: /
Oolbekkink
Gisteren: PMD ticket gesloten
Vandaag: Open tickets & UML.
Blokkades: /
Vennik Gisteren: Issues managen, Product backlog. Vandaag: Display simple version of the genome graph. Blokkades: geen duidelijk beeld van de eind structuur van de data > trial & error. Duidelijke Project visie creeren bij brainstorm sessie.
Nieuwdorp Gisteren: samenwerkings contract. Vandaag: Document (work) flow, rubiks nalopen. Blokkades: geen.
Jim Gisteren: / Vandaag: Octopull opzetten, kijken wat er verder te doen is. Blokkades: achterstand op code moet ingelopen worden
w.v.t.t.k
-
Branch naming convention. Boot: nummering Vennik: folder structuur. Decided on: /short-description task/sprintplan-2, enhancement/control-menu, feature/thee-graph
-
Boot vrijdag ochtend afwezig. in de middag beschikbaar, graag verplaatsen, alles na 11.30 prima.
Ideeen voor visualisatie: Nieuwdorp heeft de graaf voor zich. Het idee is om per pad en per genoom in te kunnen zoomen en ze individueel uit te kunnen lichten.
Daarnaast is er een idee van Vennik om ze per triple te sorteren. Want zo werken aminozuren.
De informatie in een node: Welke sample, ATCG?, Start/Stop node.
JoGL gebruiken voor visualisatie.
Op kleine schaal van de nodes kunnen we laten zien waar de mutaties zijn met betreffende informatie, zoals het effect en soort.
Schaalbaarheid is belangrijk; we kunnen voor iedere node alle gegevens bewaren maar dat is niet doenbaar voor duizenden nodes. We zouden kunnen linken naar informatie of het op bepaalde schalen pas gaan berekenen.
Programma moet erg functioneel zijn. Kleuren gebaseerd op fatsoenlijke wetenschappelijke representatie.
Voor interface; workflow en shortcuts.