Notes

Scrum meeting 03/06/15 [Oolbekkink]

Nieuwdorp: Gister gedaan: ListView voor selecteren nodes Vandaag doen: Daarmee verder Blokkades: Niet echt

Boot: Gister gedaan: huhuhjuhuju Bezig met de zoom. Er is een foutje ingeslopen met de merge. Vandaag doen: Daarmee verder. Positie bepalen in de graph. Blokkades: Nee

Vennik: Gister gedaan: Mogelijk gemaakt om subgraphs te bekijken. Switchen tussen collapsed en niet collaped. Active view is nu een property. Menu gerefactored. clean up single strain Vandaag doen: Variabele edge breedte. Boot Blokkades: -

Hommes: Gister gedaan: SA doen. Mutaties dingen updaten Vandaag doen: Mutaties dingen updaten Blokkades: Trouwen

Oolbekkink: Gister gedaan: Previous workspaces Vandaag doen: Dat netjes maken. Blokkades: Weinig tijd

###1-06-2015 Scrum [Hommes] SCRUM 1-06-2015

Vennik: Gedaan: Sprint plan + reflection, model gesplitst van view nodes + graaf, stack Gaat doen: Single point mutations weergeven Blokkades: /

Oolbekkink: Gedaan: preload workspace afgerond, diagrams geupdate, travis werkend gemaakt Gaat doen: voorgaande workspaces opslaan Blokkades: ATB

Boot: Gedaan: sprint plan + reflection, Nodes worden groter bij muis Gaat doen: afronden, met René kijken naar locator Blokkades: Moest wachten op René met collapsen

Hommes: Gedaan: Sprint + reflection, menu refactoring, aan mutaties Gaat doen: Mutations afronden en andere issues aannemen Blokkades: ATB

###29-05-2015 Scrum [Hommes] Vennik: Gister Gedaan: / Gaat vandaag doen: Nodecollapsing, presentatievoorbereiding (doet iedereen) Blokkades: Werk

Boot: Gister Gedaan: De viewcontrollers roepen een (de)activate aan bij de maincontroller Gaat vandaag doen: Afwerken + tests schrijven + PR. En het niet opnieuw laten laden van de graph als je niks anders in de tree doet. Blokkades: /

Oolbekkink: Gister Gedaan: / Gaat vandaag doen: Ideëen preloaden uitwerken Blokkades: /

Hommes: Gister Gedaan: Octopull & mutations branch reverted Gaat vandaag doen: Andere issue afwerken Blokkades: Weekendje weg

Nieuwdorp is afwezig.

W.v.t.t.k.: Goede kwaliteit sourcecode inleveren Sprintplan iedereen zijn eigen dingen afhandelen Na de presentatie nieuwe features besluiten + nieuwe sprintplan

###28-05-2015 Scrum [Oolbekkink]

Boot: Gister gedaan: Gewerkt aan het beschikbaar maken van het menu aan de controllers. Juiste manier te vinden om een actie te plegen op het menu. Vandaag doen: Verder met gisteren Blokkades: Deze ideale werkplek

Vennik: Gister gedaan: Detecteren van puntmutaties. Is gelukt. Vandaag doen: Daarmee verder. Het weergeven daarvan. Morgen voor de meeting (grote) af. Blokkades: Jim en die website

Nieuwdorp: Gisteren gedaan: Detecteren van mutaties die resistentie veroorzaken. Vandaag doen: Tests uitbreiden daarvan. Coordinaten stelsel fixen. Blokkades: Tentamen linalg

Hommes: Gisteren gedaan: Aan mutaties gewerkt. Geupdate met master. Vandaag doen: Lekker verder werken. Probleem oplossen, het is nu een beunoplossing. Blokkades: NullpointerException, ontzettend moe.

Oolbekkink: Gisteren gedaan: Laden van services gebeurt nu zo snel mogelijk Vandaag doen: Afwerken preloaden Blokkades: Hopen dat het internet niet te traag is. ###26-05-2015 Scrum [Nieuwdorp] Oolbekkink Gisteren: Welcome screen, begonnen voorladen (alles generiek gemaakt)
Vandaag: Preloaden van de graph. Blokkades: /

Vennik Gisteren: Sprint-plan, reflection. Double dispatch, mergen. Vandaag: / Blokkades: Vrijdag avond.

// Semantic zooming (nodes collapsen)

Boot Gisteren: cherrypicken tree afgemaakt. Vandaag: Refactoren & stylen. Blokkades:/

Nieuwdorp Gisteren: Sprint-plan, reflection. Mergen. Vandaag: Immunizatie annotatie invoeren, mailtje abeel goed begrijpen. Tabel Browser reporten Blokkades: /

Hommes is afwezig

###22-5-2015 Scrum [Nieuwdorp] Vennik Gisteren: / Vandaag: Switchen tussen tree en graph. blokkades: Nog geen duidelijkheid hoe

Boot Gisteren: Cherry picking werkt. (styling later) Vandaag: Testen uitbreiden. overige to do's blokkades:/

Oolbekkink Gisteren: Overlay van keymapping, artifact naar maven central Vandaag: Overlay afmaken. maven verder configureren blokkades: /

Hommes Gisteren: gekeken naar mutaties (rené gaat helpen) Vandaag: Mutaties blokkades: lastig beginnen

Nieuwdorp: Gisteren: Annotations geparsed en gekoppeld Vandaag: sprint plan & reflection. Mailtje. blokkades: geen antwoord op vragen.

idee: lijst met alle huidige genomes ###21-5-2015 Scrum [Nieuwdorp] Vennik gisteren: optimalisatie van inladen. vandaag: verder met optimaliseren. Switchen tussen tree & graph.
blokkade: jGrapht (checkt of hij al bestaat is een hele zware functie)

Boot gisteren: Cherry picken. vandaag: laad knop bij cherry picken. blokkade: \

Oolbekkink gisteren: de jar in orde maken. Workspace gerefactored.
vandaag: Help overlay. (top pane vervangen door anchorpane) blokkade: /

Hommes gisteren: Error messages samen met rené. Mutaties bekijken.
vandaag: Verder met mutaties. blokkade: /

Nieuwdorp gisteren: Annotatie gewerkt vandaag: Coordinaten systemen. blokkade: vragen niet beantwoord.

###20-5-2015 Scrum [Nieuwdorp] Boot Gisteren: / Vandaag: Cherry picking van phylotree. Blokkades: /

Vennik Gisteren: / Vandaag: Optimalisatie graph (flattening graphs) 100 Genome set possible Blokkades: /

Oolbekkink Gisteren: Newick library dependency in the jar. Vandaag: fix building a runnable jar. Blokkades: /

Hommes Gisteren: error message footer. Vandaag: refine error message footer. start work on mutations Blokkades: /

Nieuwdorp Gisteren: Annotatie file.
Vandaag: Coordinaten stelsel bekijken Blokkades: Vragen abeel.
###19-5-2015 Scrum [Nieuwdorp] Oolbekkink Gisteren: welcome screen begonnen. Vandaag: Welcome screen afmaken (zonder recent items) & help overlay Blokkades: /

Vennik Gisteren: for & if uit graphcontroller. & more refactoring. Vandaag: Switch between phylo & graph. Blokkades: /

Boot Gisteren: Tree refactoren.
Vandaag: Cherry picken op phylo tree. Blokkades: /

Nieuwdorp Gisteren: Gen annotation bekeken. Vandaag: Gen annotation, wat onduidelijk is vragen. Blokkades: niet duidelijk waar ik vragen moet stellen over gen annotatie.

Hommes Gisteren: Begonnen met error message Vandaag: Verder met error message Blokkades: /

19-5-2015 TA meeting [Nieuwdorp]

• Percentage ook in de legenda.

• Nodes collapsen.

• Selectie op de nodes, en dan weergegeven op de Phylo tree (en vice versa)

• Zoeken op strand

• Phylo Tree collapsable maken (belangrijk, verschil tussen leaves & parents)

• locallised zooming.

• Semantic zooming > filtering.

• Overzicht op het genome graag.

• Zoomen: Point mutations.

• Zoomen Point mutations achter elkaar

• Afstand in het genome is belangrijk, Clusteren

• Gen annotatie meenemen met zoomen.

• Key map overview.

*Voor vragen over annotatie kunnen we terecht bij Thomas Abeel.

• Feedback op ingeleverde werk komt z.s.m.

18-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

Vennik Gisteren: Breadcrumb, viewstack (servable), Layout verbeterd, ATCG legenda, Overlay verbeterd, On-the-fly loaden, spring reflection, plan, product planning verbeterd. Issues op github gezet. Verbeteringen Vandaag: / Blokkades: /

Hommes Gisteren: Product planning aangepast. Mutations bekeken.
Vandaag: / Blokkades: up to date komen met programma

Boot Gisteren: Phylogenetic tree verbeterd, clickable gemaakt.
Vandaag: Selectie op phylogenetic tree maken. Blokkades: /

Oolbekkink Gisteren: /
Vandaag: Splash screen & help functie Blokkades: Tijd

Nieuwdorp Gisteren: Sprint plan, sprint reflection, product planning. ATCG percentages. Refactorying Vandaag: Inlezen annotaties. Blokkades: /

13-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

Gerben gisteren: Octopull en checkstyle gedaan. (16 errors) vandaag: / blokkades: Afwezigheid

Boot gisteren: PMD & Findbugs errors geresolved, begonnen met checkstyle. Stijl van Phylogenetic tree. vandaag: Stijl van pHylogenetic tree & link. evt. blokkades: afwezig

Hommes Gisteren: / Vandaag: Product planning Blokkades: /

Vennink gisteren: on-the-fly loaden complexer dan verwacht, vandaag: Product planning & refactoren. Evt. scroll pane stylen blokkades: /

Nieuwdorp Gisteren: begonnen ATCG percentage on node,
Vandaag: ATCG percentage on node. Product planning Blokkades: java FX complex.

vanaf donderdag ochtend in principe alleen vennink en nieuwdorp beschikbaar tot zondag avond.

12-5-2015 TA meeting [Nieuwdorp]

Interactie tussen boom en graph Zoomen Highlighten
kleuring Diff -> heatmap

hoogste niveau gen anotatie Waar zit een gen, en welk pad

active/passive genome

indexering nodes, blast voor mutaties (translocatie)

preprocessing op graven op verschillende niveaus

11-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

Oolbekkink gisteren: UML Diagrams maken vandaag: workspace feature blokkades: /

Boot gisteren: begonnen product vision, gewerkt aan tree.
vandaag: Product vision, all issues that are open blokkades: geen feedback,

Vennik gisteren: Sequence is klikbaar, state patern met stack geimplementeerd, vandaag: Product vision helpen blokkades: Pull requests blijven te lang open

Hommes gisteren: naar scrollbar gekeken, menubar implementeren vandaag: Scrollbar, menu mergen blokkades: tot 20u de tijd

Nieuwdorp gisteren: Productplanning.pdf vandaag: product vision, sprint reflection blokkades: /

07-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

Hommes Gisteren: Dropdown menu, implementatie uitgesteld, scrollbar octopull Vandaag: scrollbar fixen blokkade: kan niet via CSS

Gerben: Gisteren: UML, tool gevonden Vandaag: Diagram afmaken, Workspace blokkade: /

Boot: Gisteren: werk-situatie Vandaag: aan productvision Blokkade: Product vision hulp. Hommes helpt.

Nieuwdorp gisteren: Base counter afgemaakt vandaag: BaseCounter verbeteren, werken aan productplanning & sprintplan (inleveren) blokkade: /

Vennik Gisteren: Base counter gerefactored & gereviewd Vandaag: Meewerken (supervisen) Blokkade: /

06-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

René gisteren: graaf getekend in zijn volledigheid, nodes & edges. poging Graaf netjes tekenen. vandaag: pull request van controller branch. werk verplichtingen. blokkade: loader laat zich niet herladen. Boot ook geprobeerd.

Boot gisteren: ook de controllers gesplit, tree factory en node factory vandaag: factories bijschaven. blokkade: /

Gerben gisteren: / vandaag: UML en workspace. blokkade: /

Hommes gisteren: papers bekeken. 5+1, v vandaag: bibtex, dropdown afmaken, scrollbar beginnen blokkade: /

Nieuwdorp gisteren: DNA vandaag: aansluiten op code & efficienter maken blokkade: javafx kennen

01-5-2015 Scrum meeting [Nieuwdorp]

Gerben afwezig

Boot Gisteren: Inladen van de newick graphs is gelukt met e notatie, dep herschreven en nieuwe jar gemaakt. Nog niet upstream want geen visualisatie. Vandaag: Verder werken & afmaken. en aparte controler[Tip: grid pane vervangen] blokkades: /

Vennik Gisteren: Graph parser fixed. All nodes are shown recursive Vandaag: Tekenen van de edges blokkades: /

Hommes Gisteren: / Vandaag: Papers zoeken. blokkades:/

Nieuwdorp Gisteren: Architecture design & product vision draft gemaakt Vandaag: Deliverables. blokkades: /.

Vandaag: Planning, review & retrospect.

01-5-2015 TA meeting [Nieuwdorp]

User test:

• CYS file geladen voor nodes.
• Directory vasthouden zou fijn zijn.
• Hoe beweeg ik?
• Scrollbalkje is veel te klein
• Waar zijn de edges?
• Wat zien we eigenlijk?
• Hoe werkt de schaal van de reference. liniaal in TKK refspace
• Wat zijn de getallen?
• Hoe zien we een variatie? iedere node een variatie toch?

Parsen gaat waarschijnlijk fout. iedere node een in en out edge? zou een keten van nodes moeten zijn vanaf de eerste node. layouts op verschillende niveau's inladen.

Afstappen van layout gebaseerd op TKKref, echt op relatieve verhouding.

Parsefout: TKKref ipv TKK. Referentie genome links laten liggen. coordinaten vanaf 1, IDs vanaf 0

Vragen: ATCG percentages weergeven? Percentage van ATCG wellicht interesant. Op een heel hoog niveau. AT en CG en complement.

Mini map nuttig? Phylogenetic mini-map nuttig.

In de graph view, nodes die geen common ancestor hebben. andere node die paralele convergent evolution. Zodra nodes gaan collapsen Nodes die interessant zijn. Schijnbare common ancestor.

Hoe ziet de end user eruit? Kan varieren. Highly educated clinicians computational biologist. Masters studenten, academisch studenten. Brede

Wat zijn de specs? 4Gb geen overbodige luxe. 32 bits in 3e wereld landen. Idealieter ook menselijk genome. Let wel op moorse law.

Is a questionaire possible? Questionare 10-15 minutes. Of testen met logs. 1 malig Discoverable. Vaak gebruikte functies.

Tips: inlezen in Gen annotatie, tracks downloaden. Donderdag avond draft van sprintplan. Sprintplan efford on a scale.

30-4-2015 [Nieuwdorp]

Boot Gisteren: Started work on exponential notation support for the tree Vandaag: Finish and check functionality of the tree Blokkades: there was an error in the dependency

Oolbekkkink Gisteren: Vandaag: Blokkades:

Vennik Gisteren: Updated the product backlog and updated the wiki Vandaag: / Blokkades: Work commitments

Nieuwdorp Gisteren: Workflow/document flow gemaakt, checked rubics for missing points. Vandaag: Architecture Design & Product vision Blokkades: Not clear what the requirements are for those deadline.

Hommes Gisteren: Catched up on the code & set up octopull Vandaag: Looked at the open issues Blokkades: Other commitments.

29-4-2015 [Nieuwdorp]

Boot Gisteren: Newick format file reader, werkt alleen niet met e-machten Vandaag: e-machten support erin en omzetten naar JGrapht zodat hij weergegeven kan worden met de huidige graph controller. (Later een aparte controller) Blokkades: /

Oolbekkink Gisteren: PMD ticket gesloten Vandaag: Open tickets & UML.
Blokkades: /

Vennik Gisteren: Issues managen, Product backlog. Vandaag: Display simple version of the genome graph. Blokkades: geen duidelijk beeld van de eind structuur van de data > trial & error. Duidelijke Project visie creeren bij brainstorm sessie.

Nieuwdorp Gisteren: samenwerkings contract. Vandaag: Document (work) flow, rubiks nalopen. Blokkades: geen.

Jim Gisteren: / Vandaag: Octopull opzetten, kijken wat er verder te doen is. Blokkades: achterstand op code moet ingelopen worden

w.v.t.t.k

• Branch naming convention. Boot: nummering Vennik: folder structuur. Decided on: /short-description task/sprintplan-2, enhancement/control-menu, feature/thee-graph

• Boot vrijdag ochtend afwezig. in de middag beschikbaar, graag verplaatsen, alles na 11.30 prima.

23-4-2015 [Hommes]

Ideeen voor visualisatie: Nieuwdorp heeft de graaf voor zich. Het idee is om per pad en per genoom in te kunnen zoomen en ze individueel uit te kunnen lichten.

Daarnaast is er een idee van Vennik om ze per triple te sorteren. Want zo werken aminozuren.

De informatie in een node: Welke sample, ATCG?, Start/Stop node.

JoGL gebruiken voor visualisatie.

Op kleine schaal van de nodes kunnen we laten zien waar de mutaties zijn met betreffende informatie, zoals het effect en soort.

Schaalbaarheid is belangrijk; we kunnen voor iedere node alle gegevens bewaren maar dat is niet doenbaar voor duizenden nodes. We zouden kunnen linken naar informatie of het op bepaalde schalen pas gaan berekenen.

Programma moet erg functioneel zijn. Kleuren gebaseerd op fatsoenlijke wetenschappelijke representatie.

Voor interface; workflow en shortcuts.