-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
Notes
Boot Gisteren: Newick format file reader, werkt alleen niet met e-machten Vandaag: e-machten support erin en omzetten naar JGrapht zodat hij weergegeven kan worden met de huidige graph controller. (Later een aparte controller) Blokkades: /
Oollbekkink
Gisteren: PMD ticket gesloten
Vandaag: Open tickets & UML.
Blokkades: /
Vennik Gisteren: Issues managen, Product backlog. Vandaag: Display simple version of the genome graph. Blokkades: geen duidelijk beeld van de eind structuur van de data > trial & error. Duidelijke Project visie creeren bij brainstorm sessie.
Nieuwdorp Gisteren: samenwerkings contract. Vandaag: Document (work) flow, rubiks nalopen. Blokkades: geen.
Jim Gisteren: / Vandaag: Octopull opzetten, kijken wat er verder te doen is. Blokkades: achterstand op code moet ingelopen worden
w.v.t.t.k
-
Branch naming convention. Boot: nummering Vennik: folder structuur. Decided on: /short-description task/sprintplan-2, enhancement/control-menu, feature/thee-graph
-
Boot vrijdag ochtend afwezig. in de middag beschikbaar, graag verplaatsen, alles na 11.30 prima.
Ideeen voor visualisatie: Nieuwdorp heeft de graaf voor zich. Het idee is om per pad en per genoom in te kunnen zoomen en ze individueel uit te kunnen lichten.
Daarnaast is er een idee van Vennik om ze per triple te sorteren. Want zo werken aminozuren.
De informatie in een node: Welke sample, ATCG?, Start/Stop node.
JoGL gebruiken voor visualisatie.
Op kleine schaal van de nodes kunnen we laten zien waar de mutaties zijn met betreffende informatie, zoals het effect en soort.
Schaalbaarheid is belangrijk; we kunnen voor iedere node alle gegevens bewaren maar dat is niet doenbaar voor duizenden nodes. We zouden kunnen linken naar informatie of het op bepaalde schalen pas gaan berekenen.
Programma moet erg functioneel zijn. Kleuren gebaseerd op fatsoenlijke wetenschappelijke representatie.
Voor interface; workflow en shortcuts.