ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータ（HGCスパコン）にGenomonはすでにインストールされております．HGCスパコンアカウントをお持ちの方は，以下のコマンドを実行するだけで，DNA／RNA解析ができます．
GenomonはHGCスパコン以外のサーバで稼働実績があります．Genomonインストール方法については，:doc:`install` を参照してください．
# HGCスパコンでのGenomon使用方法
bash /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh {解析タイプ} {サンプル設定ファイル} {出力ルートディレクトリ} {パイプライン設定ファイル}ご使用者にやっていただくことは，コマンドに必要な４つのパラメータを指定していただき，HGCにインストール済みのGenomonを実行するだけです．
- 1. 解析タイプ 'dna'，'rna'
- DNA解析をする場合は，dna を，RNA解析をする場合は，rna を指定します．
- 2. サンプル設定ファイル 'sample_config.csv'
- 解析対象のファイル（FASTQやBAM）のパスなどを記載したファイルを作成し，そのファイル名を指定します．
- 3. 出力ルートディレクトリ 'output_root_directory'
- 出力ルートディレクトリを指定します．結果がこのディレクトリ以下に出力されます．
- 4. パイプライン設定ファイル 'genomon.cfg'
- パイプライン設定ファイルを指定します．パイプライン設定ファイルはHGCスパコンに用意しております．
# DNA exome解析の実行例
bash /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_conf/dna_exome_genomon.cfg
# DNA whole genome解析の実行例
bash /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_conf/dna_wgs_genomon.cfg
# DNA target genome解析の実行例
bash /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_conf/dna_target_genomon.cfg
# RNA解析の実行例
bash /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh rna /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/test_data/test_rna/sample_config_RNA.csv {出力ルートディレクトリ} /share/pub/genomon/genomon_pipeline-2.6.3/genomon_conf/rna_genomon.cfg
* qloginをする必要があります．