RNA 解析パイプラインSchemes

GenomonパイプラインのDNA解析において，各工程の流れを解説します．

サンプル設定ファイルの記載方法は :doc:`rna_sample_csv` を参照ください．

パイプライン設定ファイルを変更する場合は :doc:`rna_config_info` を参照ください．

1. 入力とアライメント

Inputの方法は [fastq], [bam_tofastq], [bam_import] の3種類あります．これらはサンプル設定ファイルで定義します．

fastq:	fastqを扱いやすい大きさに分割してからアライメントを行います
bam_tofastq:	bamファイルを一旦fastqに変換し，アライメントします．Genomon以外でアライメントしたbamなどはこちらを使用してください
bam_import:	アライメント済みのbamファイルが対象です．アライメントは行わず解析を行います
task_star_align:	Starによるリファレンスゲノムにアライメントを実行します．副生成物として，QCの結果を出力します

[fusion] の項目をサンプル設定ファイルで定義すると実行されます．

task_fusion_count, task_fusion_merge, task_fusion_fusion:
	融合遺伝子を検出します．
post_analysis:	全サンプルのfusionを１つのファイルにマージして出力します．
paplot:	レポートを出力します．

[expression] の項目をサンプル設定ファイルで定義すると実行されます．

発現量解析の概要については https://github.com/Genomon-Project/GenomonExpression を参照してください．

RNAではQCの値がStarの副生成物として作成されるため，DNAのような専用の工程はありません． [qc] の項目をサンプル設定ファイルで定義するとレポートとして出力されます．

post_analysis:	全サンプルのfusionを１つのファイルにマージして出力します．
paplot:	レポートを出力します．